src/api/internal/BamPipe_p.cpp

   1 // ***************************************************************************
   2 // BamPipe_p.cpp (c) 2011 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // ---------------------------------------------------------------------------
   5 // Last modified: 9 September 2011 (DB)
   6 // ---------------------------------------------------------------------------
   7 // Provides BAM pipe-specific IO behavior
   8 // ***************************************************************************
   9
  10 #include <api/internal/BamPipe_p.h>
  11 using namespace BamTools;
  12 using namespace BamTools::Internal;
  13
  14 #include <cstdio>
  15 #include <iostream>
  16 using namespace std;
  17
  18 BamPipe::BamPipe(void) : ILocalIODevice() { }
  19
  20 BamPipe::~BamPipe(void) { }
  21
  22 bool BamPipe::IsRandomAccess(void) const {
  23     return false;
  24 }
  25
  26 bool BamPipe::Open(const IBamIODevice::OpenMode mode) {
  27
  28     // make sure we're starting with a fresh pipe
  29     Close();
  30
  31     // open stdin/stdout depending on requested openmode
  32     if ( mode == IBamIODevice::ReadOnly )
  33         m_stream = freopen(0, "rb", stdin);
  34     else if ( mode == IBamIODevice::WriteOnly )
  35         m_stream = freopen(0, "wb", stdout);
  36     else {
  37         SetErrorString("BamPipe ERROR - unsupported device mode");
  38         return false;
  39     }
  40
  41     // check that we obtained a valid FILE*
  42     if ( m_stream == 0 ) {
  43         string error = "BamPipe ERROR - could not open handle on ";
  44         error += ( (mode == IBamIODevice::ReadOnly) ? "stdin" : "stdout" );
  45         SetErrorString(error);
  46         return false;
  47     }
  48
  49     // store current IO mode & return success
  50     m_mode = mode;
  51     return true;
  52 }
  53
  54 bool BamPipe::Seek(const int64_t& position) {
  55 //    (void)position; // suppress compiler warning about unused variable
  56 //    return false;   // seeking not allowed in pipe
  57
  58     BT_ASSERT_X( m_stream, "BamFile::Seek() - null stream" );
  59     cerr << "BamPipe::Seek() - about to attempt seek" << endl;
  60     bool result = ( fseek64(m_stream, position, SEEK_SET) == 0);
  61     if ( !result ) {
  62         cerr << "BamPipe can't be seeked in" << endl;
  63     }
  64     return result;
  65
  66 //    return ( fseek64(m_stream, position, SEEK_SET) == 0);
  67
  68 }