src/api/internal/BamPipe_p.cpp

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   2 // BamPipe_p.cpp (c) 2011 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
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   5 // Last modified: 7 October 2011 (DB)
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   7 // Provides BAM pipe-specific IO behavior
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   9
  10 #include <api/internal/BamPipe_p.h>
  11 using namespace BamTools;
  12 using namespace BamTools::Internal;
  13
  14 #include <cstdio>
  15 #include <iostream>
  16 using namespace std;
  17
  18 BamPipe::BamPipe(void) : ILocalIODevice() { }
  19
  20 BamPipe::~BamPipe(void) { }
  21
  22 bool BamPipe::IsRandomAccess(void) const {
  23     return false;
  24 }
  25
  26 bool BamPipe::Open(const IBamIODevice::OpenMode mode) {
  27
  28     // make sure we're starting with a fresh pipe
  29     Close();
  30
  31     // open stdin/stdout depending on requested openmode
  32     if ( mode == IBamIODevice::ReadOnly )
  33         m_stream = freopen(0, "rb", stdin);
  34     else if ( mode == IBamIODevice::WriteOnly )
  35         m_stream = freopen(0, "wb", stdout);
  36     else {
  37         SetErrorString("BamPipe::Open", "unknown open mode requested");
  38         return false;
  39     }
  40
  41     // check that we obtained a valid FILE*
  42     if ( m_stream == 0 ) {
  43         const string message_base = string("could not open handle on ");
  44         const string message = message_base + ( (mode == IBamIODevice::ReadOnly) ? "stdin" : "stdout" );
  45         SetErrorString("BamPipe::Open", message);
  46         return false;
  47     }
  48
  49     // store current IO mode & return success
  50     m_mode = mode;
  51     return true;
  52 }
  53
  54 bool BamPipe::Seek(const int64_t& ) {
  55     SetErrorString("BamPipe::Seek", "random access not allowed in FIFO pipe");
  56     return false;
  57 }