src/api/internal/BamFile_p.cpp

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   2 // BamFile_p.cpp (c) 2011 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
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   5 // Last modified: 8 September 2011 (DB)
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   7 // Provides reading of local BAM files
   8 // ***************************************************************************
   9
  10 #include <api/internal/BamFile_p.h>
  11 using namespace BamTools;
  12 using namespace BamTools::Internal;
  13
  14 #include <cstdio>
  15 using namespace std;
  16
  17 BamFile::BamFile(const string& filename)
  18     : IBamIODevice()
  19     , m_stream(0)
  20     , m_filename(filename)
  21 { }
  22
  23 BamFile::~BamFile(void) {
  24     Close();
  25 }
  26
  27 void BamFile::Close(void) {
  28
  29     // skip if not open
  30     if ( !IsOpen() )
  31         return;
  32
  33     // flush & close FILE*
  34     fflush(m_stream);
  35     fclose(m_stream);
  36
  37     // reset internals
  38     m_mode = IBamIODevice::NotOpen;
  39     m_stream = 0;
  40     m_filename.clear();
  41 }
  42
  43 bool BamFile::IsRandomAccess(void) const {
  44     return true;
  45 }
  46
  47 bool BamFile::Open(const IBamIODevice::OpenMode mode) {
  48
  49     // make sure we're starting with a fresh file stream
  50     Close();
  51
  52     // attempt to open FILE* depending on requested openmode
  53     if ( mode == IBamIODevice::ReadOnly )
  54         m_stream = fopen(m_filename.c_str(), "rb");
  55     else if ( mode == IBamIODevice::WriteOnly )
  56         m_stream = fopen(m_filename.c_str(), "wb");
  57     else {
  58         SetErrorString("BamFile ERROR - unknown device open mode");
  59         return false;
  60     }
  61
  62     // check that we obtained a valid FILE*
  63     if ( m_stream == 0 ) {
  64         string error = "BamFile ERROR - could not open handle on ";
  65         error += ( (m_filename.empty()) ? "empty filename" : m_filename );
  66         SetErrorString(error);
  67         return false;
  68     }
  69
  70     // store current IO mode & return success
  71     m_mode = mode;
  72     return true;
  73 }
  74
  75 size_t BamFile::Read(char* data, const unsigned int numBytes) {
  76     BT_ASSERT_X( m_stream, "BamFile::Read() - null stream" );
  77     BT_ASSERT_X( (m_mode == IBamIODevice::ReadOnly), "BamFile::Read() - device not in read-only mode");
  78     return fread(data, sizeof(char), numBytes, m_stream);
  79 }
  80
  81 bool BamFile::Seek(const int64_t& position) {
  82     BT_ASSERT_X( m_stream, "BamFile::Seek() - null stream" );
  83     return ( fseek64(m_stream, position, SEEK_SET) == 0);
  84 }
  85
  86 int64_t BamFile::Tell(void) const {
  87     BT_ASSERT_X( m_stream, "BamFile::Tell() - null stream" );
  88     return ftell64(m_stream);
  89 }
  90
  91 size_t BamFile::Write(const char* data, const unsigned int numBytes) {
  92     BT_ASSERT_X( m_stream, "BamFile::Write() - null stream" );
  93     BT_ASSERT_X( (m_mode == IBamIODevice::WriteOnly), "BamFile::Write() - device not in write-only mode" );
  94     return fwrite(data, sizeof(char), numBytes, m_stream);
  95 }