src/api/internal/BamFile_p.cpp

   1 // ***************************************************************************
   2 // BamFile_p.cpp (c) 2011 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // ---------------------------------------------------------------------------
   5 // Last modified: 7 October 2011 (DB)
   6 // ---------------------------------------------------------------------------
   7 // Provides BAM file-specific IO behavior
   8 // ***************************************************************************
   9
  10 #include <api/internal/BamFile_p.h>
  11 using namespace BamTools;
  12 using namespace BamTools::Internal;
  13
  14 #include <cstdio>
  15 #include <iostream>
  16 using namespace std;
  17
  18 BamFile::BamFile(const string& filename)
  19     : ILocalIODevice()
  20     , m_filename(filename)
  21 { }
  22
  23 BamFile::~BamFile(void) { }
  24
  25 void BamFile::Close(void) {
  26     if ( IsOpen() ) {
  27         m_filename.clear();
  28         ILocalIODevice::Close();
  29     }
  30 }
  31
  32 bool BamFile::IsRandomAccess(void) const {
  33     return true;
  34 }
  35
  36 bool BamFile::Open(const IBamIODevice::OpenMode mode) {
  37
  38     // make sure we're starting with a fresh file stream
  39     Close();
  40
  41     // attempt to open FILE* depending on requested openmode
  42     if ( mode == IBamIODevice::ReadOnly )
  43         m_stream = fopen(m_filename.c_str(), "rb");
  44     else if ( mode == IBamIODevice::WriteOnly )
  45         m_stream = fopen(m_filename.c_str(), "wb");
  46     else {
  47         SetErrorString("BamFile::Open", "unknown open mode requested");
  48         return false;
  49     }
  50
  51     // check that we obtained a valid FILE*
  52     if ( m_stream == 0 ) {
  53         const string message_base = string("could not open file handle for ");
  54         const string message = message_base + ( (m_filename.empty()) ? "empty filename" : m_filename );
  55         SetErrorString("BamFile::Open", message);
  56         return false;
  57     }
  58
  59     // store current IO mode & return success
  60     m_mode = mode;
  61     return true;
  62 }
  63
  64 bool BamFile::Seek(const int64_t& position) {
  65     BT_ASSERT_X( m_stream, "BamFile::Seek() - null stream" );
  66     return ( fseek64(m_stream, position, SEEK_SET) == 0 );
  67 }