src/api/BamWriter.h

   1 // ***************************************************************************\r
   2 // BamWriter.h (c) 2009 Michael Str�mberg, Derek Barnett\r
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College\r
   4 // ---------------------------------------------------------------------------\r
   5 // Last modified: 4 March 2011 (DB)\r
   6 // ---------------------------------------------------------------------------\r
   7 // Provides the basic functionality for producing BAM files\r
   8 // ***************************************************************************\r
   9 \r
  10 #ifndef BAMWRITER_H\r
  11 #define BAMWRITER_H\r
  12 \r
  13 #include <api/api_global.h>\r
  14 #include <api/BamAux.h>\r
  15 #include <string>\r
  16 \r
  17 namespace BamTools {\r
  18 \r
  19 class BamAlignment;\r
  20 class SamHeader;\r
  21 \r
  22 namespace Internal {\r
  23     class BamWriterPrivate;\r
  24 } // namespace Internal\r
  25 \r
  26 class API_EXPORT BamWriter {\r
  27 \r
  28     public: enum CompressionMode { Compressed = 0\r
  29                                  , Uncompressed\r
  30                                  };\r
  31 \r
  32     // ctor & dtor\r
  33     public:\r
  34         BamWriter(void);\r
  35         ~BamWriter(void);\r
  36 \r
  37     // public interface\r
  38     public:\r
  39         //  closes the current BAM file\r
  40         void Close(void);\r
  41         // returns true if BAM file is open for writing\r
  42         bool IsOpen(void) const;\r
  43         // opens a BAM file for writing\r
  44         bool Open(const std::string& filename, \r
  45                   const std::string& samHeaderText,\r
  46                   const RefVector& referenceSequences);\r
  47         // opens a BAM file for writing\r
  48         bool Open(const std::string& filename,\r
  49                   const SamHeader& samHeader,\r
  50                   const RefVector& referenceSequences);\r
  51         // saves the alignment to the alignment archive\r
  52         void SaveAlignment(const BamAlignment& alignment);\r
  53         // sets the output compression mode\r
  54         void SetCompressionMode(const CompressionMode& compressionMode);\r
  55 \r
  56     // private implementation\r
  57     private:\r
  58         Internal::BamWriterPrivate* d;\r
  59 };\r
  60 \r
  61 } // namespace BamTools\r
  62 \r
  63 #endif // BAMWRITER_H\r