src/api/BamReader.cpp

   1 // ***************************************************************************
   2 // BamReader.cpp (c) 2009 Derek Barnett, Michael Str�mberg
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 22 November 2010 (DB)
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Provides the basic functionality for reading BAM files
   9 // ***************************************************************************
  10
  11 #include <api/BamReader.h>
  12 #include <api/internal/BamReader_p.h>
  13 using namespace BamTools;
  14 using namespace BamTools::Internal;
  15
  16 #include <algorithm>
  17 #include <iostream>
  18 #include <iterator>
  19 #include <string>
  20 #include <vector>
  21 using namespace std;
  22
  23 // constructor
  24 BamReader::BamReader(void) {
  25     d = new BamReaderPrivate(this);
  26 }
  27
  28 // destructor
  29 BamReader::~BamReader(void) {
  30     delete d;
  31     d = 0;
  32 }
  33
  34 // file operations
  35 void BamReader::Close(void) { d->Close(); }
  36 bool BamReader::HasIndex(void) const { return d->HasIndex; }
  37 bool BamReader::IsIndexLoaded(void) const { return HasIndex(); }
  38 bool BamReader::IsOpen(void) const { return d->mBGZF.IsOpen; }
  39 bool BamReader::Jump(int refID, int position)  { return d->SetRegion( BamRegion(refID, position) ); }
  40 bool BamReader::Open(const std::string& filename,
  41                      const std::string& indexFilename,
  42                      const bool lookForIndex,
  43                      const bool preferStandardIndex)
  44 {
  45     return d->Open(filename, indexFilename, lookForIndex, preferStandardIndex);
  46 }
  47 bool BamReader::Rewind(void) { return d->Rewind(); }
  48 bool BamReader::SetRegion(const BamRegion& region) { return d->SetRegion(region); }
  49 bool BamReader::SetRegion(const int& leftRefID, const int& leftBound, const int& rightRefID, const int& rightBound) {
  50     return d->SetRegion( BamRegion(leftRefID, leftBound, rightRefID, rightBound) );
  51 }
  52
  53 // access alignment data
  54 bool BamReader::GetNextAlignment(BamAlignment& bAlignment) { return d->GetNextAlignment(bAlignment); }
  55 bool BamReader::GetNextAlignmentCore(BamAlignment& bAlignment) { return d->GetNextAlignmentCore(bAlignment); }
  56
  57 // access auxiliary data
  58 const string BamReader::GetHeaderText(void) const { return d->GetHeaderText(); }
  59 int BamReader::GetReferenceCount(void) const { return d->References.size(); }
  60 const RefVector& BamReader::GetReferenceData(void) const { return d->References; }
  61 int BamReader::GetReferenceID(const string& refName) const { return d->GetReferenceID(refName); }
  62 const std::string BamReader::GetFilename(void) const { return d->Filename; }
  63
  64 // index operations
  65 bool BamReader::CreateIndex(bool useStandardIndex) { return d->CreateIndex(useStandardIndex); }
  66 void BamReader::SetIndexCacheMode(const BamIndex::BamIndexCacheMode mode) { d->SetIndexCacheMode(mode); }