src/api/BamConstants.h

   1 #ifndef BAM_CONSTANTS_H
   2 #define BAM_CONSTANTS_H
   3
   4 #include <string>
   5
   6 namespace BamTools {
   7 namespace Constants {
   8
   9 const int BAM_SIZEOF_INT = 4;
  10
  11 // header magic number
  12 const char* const  BAM_HEADER_MAGIC = "BAM\001";
  13 const unsigned int BAM_HEADER_MAGIC_SIZE = 4;
  14
  15 // BAM alignment core size
  16 const int BAM_CORE_SIZE = 32;
  17
  18 // BAM alignment flags
  19 const int BAM_ALIGNMENT_PAIRED              = 1;
  20 const int BAM_ALIGNMENT_PROPER_PAIR         = 2;
  21 const int BAM_ALIGNMENT_UNMAPPED            = 4;
  22 const int BAM_ALIGNMENT_MATE_UNMAPPED       = 8;
  23 const int BAM_ALIGNMENT_REVERSE_STRAND      = 16;
  24 const int BAM_ALIGNMENT_MATE_REVERSE_STRAND = 32;
  25 const int BAM_ALIGNMENT_READ_1              = 64;
  26 const int BAM_ALIGNMENT_READ_2              = 128;
  27 const int BAM_ALIGNMENT_SECONDARY           = 256;
  28 const int BAM_ALIGNMENT_QC_FAILED           = 512;
  29 const int BAM_ALIGNMENT_DUPLICATE           = 1024;
  30
  31 // CIGAR constants
  32 const char* const BAM_CIGAR_LOOKUP = "MIDNSHP";
  33 const int BAM_CIGAR_MATCH    = 0;
  34 const int BAM_CIGAR_INS      = 1;
  35 const int BAM_CIGAR_DEL      = 2;
  36 const int BAM_CIGAR_REFSKIP  = 3;
  37 const int BAM_CIGAR_SOFTCLIP = 4;
  38 const int BAM_CIGAR_HARDCLIP = 5;
  39 const int BAM_CIGAR_PAD      = 6;
  40
  41 const int BAM_CIGAR_SHIFT    = 4;
  42 const int BAM_CIGAR_MASK     = ((1 << BAM_CIGAR_SHIFT) - 1);
  43
  44 // DNA bases
  45 const char* const BAM_DNA_LOOKUP = "=ACMGRSVTWYHKDBN";
  46
  47 } // namespace Constants
  48 } // namespace BamTools
  49
  50 #endif // BAM_CONSTANTS_H