src/api/BamConstants.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // BamConstants.h (c) 2011 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // ---------------------------------------------------------------------------
   5 // Last modified: 9 September 2011 (DB)
   6 // ---------------------------------------------------------------------------
   7 // Provides basic constants for handling BAM files.
   8 // ***************************************************************************
   9
  10 #ifndef BAM_CONSTANTS_H
  11 #define BAM_CONSTANTS_H
  12
  13 #include <string>
  14
  15 /*! \namespace BamTools::Constants
  16     \brief Provides basic constants for handling BAM files.
  17 */
  18
  19 namespace BamTools {
  20 namespace Constants {
  21
  22 const int BAM_SIZEOF_INT = 4;
  23
  24 // header magic number
  25 const char* const  BAM_HEADER_MAGIC = "BAM\1";
  26 const unsigned int BAM_HEADER_MAGIC_LENGTH = 4;
  27
  28 // BAM alignment core size
  29 const unsigned int BAM_CORE_SIZE = 32;
  30 const unsigned int BAM_CORE_BUFFER_SIZE = 8;
  31
  32 // BAM alignment flags
  33 const int BAM_ALIGNMENT_PAIRED              = 0x0001;
  34 const int BAM_ALIGNMENT_PROPER_PAIR         = 0x0002;
  35 const int BAM_ALIGNMENT_UNMAPPED            = 0x0004;
  36 const int BAM_ALIGNMENT_MATE_UNMAPPED       = 0x0008;
  37 const int BAM_ALIGNMENT_REVERSE_STRAND      = 0x0010;
  38 const int BAM_ALIGNMENT_MATE_REVERSE_STRAND = 0x0020;
  39 const int BAM_ALIGNMENT_READ_1              = 0x0040;
  40 const int BAM_ALIGNMENT_READ_2              = 0x0080;
  41 const int BAM_ALIGNMENT_SECONDARY           = 0x0100;
  42 const int BAM_ALIGNMENT_QC_FAILED           = 0x0200;
  43 const int BAM_ALIGNMENT_DUPLICATE           = 0x0400;
  44
  45 // CIGAR constants
  46 const char* const BAM_CIGAR_LOOKUP = "MIDNSHP=X";
  47 const int BAM_CIGAR_MATCH    = 0;
  48 const int BAM_CIGAR_INS      = 1;
  49 const int BAM_CIGAR_DEL      = 2;
  50 const int BAM_CIGAR_REFSKIP  = 3;
  51 const int BAM_CIGAR_SOFTCLIP = 4;
  52 const int BAM_CIGAR_HARDCLIP = 5;
  53 const int BAM_CIGAR_PAD      = 6;
  54 const int BAM_CIGAR_SEQMATCH = 7;
  55 const int BAM_CIGAR_MISMATCH = 8;
  56
  57 const char BAM_CIGAR_MATCH_CHAR    = 'M';
  58 const char BAM_CIGAR_INS_CHAR      = 'I';
  59 const char BAM_CIGAR_DEL_CHAR      = 'D';
  60 const char BAM_CIGAR_REFSKIP_CHAR  = 'N';
  61 const char BAM_CIGAR_SOFTCLIP_CHAR = 'S';
  62 const char BAM_CIGAR_HARDCLIP_CHAR = 'H';
  63 const char BAM_CIGAR_PAD_CHAR      = 'P';
  64 const char BAM_CIGAR_SEQMATCH_CHAR = '=';
  65 const char BAM_CIGAR_MISMATCH_CHAR = 'X';
  66
  67 const int BAM_CIGAR_SHIFT    = 4;
  68 const int BAM_CIGAR_MASK     = ((1 << BAM_CIGAR_SHIFT) - 1);
  69
  70 // BAM tag types
  71 const char BAM_TAG_TYPE_ASCII  = 'A';
  72 const char BAM_TAG_TYPE_UINT8  = 'c';
  73 const char BAM_TAG_TYPE_INT8   = 'C';
  74 const char BAM_TAG_TYPE_UINT16 = 's';
  75 const char BAM_TAG_TYPE_INT16  = 'S';
  76 const char BAM_TAG_TYPE_UINT32 = 'i';
  77 const char BAM_TAG_TYPE_INT32  = 'I';
  78 const char BAM_TAG_TYPE_FLOAT  = 'f';
  79 const char BAM_TAG_TYPE_STRING = 'Z';
  80 const char BAM_TAG_TYPE_HEX    = 'H';
  81 const char BAM_TAG_TYPE_ARRAY  = 'B';
  82
  83 const size_t BAM_TAG_TAGSIZE  = 2;
  84 const size_t BAM_TAG_TYPESIZE = 1;
  85 const int BAM_TAG_ARRAYBASE_SIZE = 8;
  86
  87 // DNA bases
  88 const char* const BAM_DNA_LOOKUP = "=ACMGRSVTWYHKDBN";
  89 const unsigned char BAM_BASECODE_EQUAL = 0;
  90 const unsigned char BAM_BASECODE_A     = 1;
  91 const unsigned char BAM_BASECODE_C     = 2;
  92 const unsigned char BAM_BASECODE_G     = 4;
  93 const unsigned char BAM_BASECODE_T     = 8;
  94 const unsigned char BAM_BASECODE_N     = 15;
  95
  96 const char BAM_DNA_EQUAL   = '=';
  97 const char BAM_DNA_A       = 'A';
  98 const char BAM_DNA_C       = 'C';
  99 const char BAM_DNA_G       = 'G';
 100 const char BAM_DNA_T       = 'T';
 101 const char BAM_DNA_N       = 'N';
 102 const char BAM_DNA_DEL     = '-';
 103 const char BAM_DNA_PAD     = '*';
 104
 105 // zlib constants
 106 const int GZIP_ID1   = 31;
 107 const int GZIP_ID2   = 139;
 108 const int CM_DEFLATE = 8;
 109 const int FLG_FEXTRA = 4;
 110 const int OS_UNKNOWN = 255;
 111 const int BGZF_XLEN  = 6;
 112 const int BGZF_ID1   = 66;
 113 const int BGZF_ID2   = 67;
 114 const int BGZF_LEN   = 2;
 115 const int GZIP_WINDOW_BITS    = -15;
 116 const int Z_DEFAULT_MEM_LEVEL = 8;
 117
 118 // BZGF constants
 119 const int BGZF_BLOCK_HEADER_LENGTH = 18;
 120 const int BGZF_BLOCK_FOOTER_LENGTH = 8;
 121 const unsigned int BGZF_MAX_BLOCK_SIZE      = 65536;
 122 const unsigned int BGZF_DEFAULT_BLOCK_SIZE  = 65536;
 123
 124 } // namespace Constants
 125 } // namespace BamTools
 126
 127 #endif // BAM_CONSTANTS_H