bamtools_stats.cpp

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_stats.cpp (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 1 June 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Prints general statistics for a single BAM file
   9 //
  10 // ** Expand to multiple??
  11 //
  12 // ***************************************************************************
  13
  14 #include <iostream>
  15 #include <string>
  16
  17 #include "bamtools_stats.h"
  18 #include "bamtools_options.h"
  19 #include "BamReader.h"
  20
  21 using namespace std;
  22 using namespace BamTools;
  23
  24 // ---------------------------------------------
  25 // StatsSettings implementation
  26
  27 struct StatsTool::StatsSettings {
  28
  29     // flags
  30     bool HasInputBamFilename;
  31
  32     // filenames
  33     string InputBamFilename;
  34
  35     // constructor
  36     StatsSettings(void)
  37         : HasInputBamFilename(false)
  38         , InputBamFilename(Options::StandardIn())
  39     { }
  40 };
  41
  42 // ---------------------------------------------
  43 // StatsTool implementation
  44
  45 StatsTool::StatsTool(void)
  46     : AbstractTool()
  47     , m_settings(new StatsSettings)
  48 {
  49     // set program details
  50     Options::SetProgramInfo("bamtools stats", "prints general stats for a BAM file", "[-in <filename>]");
  51
  52     // set up options
  53     OptionGroup* IO_Opts = Options::CreateOptionGroup("Input & Output");
  54     Options::AddValueOption("-in", "BAM filename", "the input BAM file", "", m_settings->HasInputBamFilename,  m_settings->InputBamFilename,  IO_Opts, Options::StandardIn());
  55 }
  56
  57 StatsTool::~StatsTool(void) {
  58     delete m_settings;
  59     m_settings = 0;
  60 }
  61
  62 int StatsTool::Help(void) {
  63     Options::DisplayHelp();
  64     return 0;
  65 }
  66
  67 int StatsTool::Run(int argc, char* argv[]) {
  68
  69     // parse command line arguments
  70     Options::Parse(argc, argv, 1);
  71
  72     // calculate stats
  73
  74     return 0;
  75 }