bamtools_sort.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_sortt.h (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 26 May 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Sorts an input BAM file (default by position) and stores in a new BAM file.
   9 // ***************************************************************************
  10
  11 #ifndef BAMTOOLS_SORT_H
  12 #define BAMTOOLS_SORT_H
  13
  14 #include <iostream>
  15 #include <string>
  16
  17 #include "BamReader.h"
  18 #include "bamtools_getopt.h"
  19
  20 namespace BamTools {
  21
  22 int BamSortHelp(void) {
  23     std::cerr << std::endl;
  24     std::cerr << "usage:\tbamtools sort [--in FILE] [--out FILE]" << std::endl;
  25     std::cerr << std::endl;
  26     std::cerr << "\t--in FILE   Input BAM file to sort          [stdin]" << std::endl;
  27     std::cerr << "\t--out FILE  Destination of sorted BAM file  [stdout]" << std::endl;
  28     std::cerr << std::endl;
  29     return 0;
  30 }
  31
  32 int RunBamSort(int argc, char* argv[]) {
  33
  34     // else parse command line for args
  35     GetOpt options(argc, argv, 1);
  36
  37     std::string inputFilename;
  38     options.addOption("in", &inputFilename);
  39
  40     std::string outputFilename;
  41     options.addOption("out", &outputFilename);
  42
  43     if ( !options.parse() ) return BamCoverageHelp();
  44     if ( inputFilename.empty() )  { inputFilename  = "stdin"; }
  45     if ( outputFilename.empty() ) { outputFilename = "stdout"; }
  46
  47     // open our BAM reader
  48 //     BamReader reader;
  49 //     reader.Open(inputFilename);
  50 //
  51 //     // retrieve header & reference dictionary info
  52 //     std::string header = reader.GetHeaderText();
  53 //     RefVector references = reader.GetReferenceData();
  54 //
  55 //     BamWriter writer;
  56 //     writer.Open(outputFilename, header, references);
  57 //
  58     // sort BAM file
  59     std::cerr << "Sorting " << inputFilename << std::endl;
  60     std::cerr << "Saving sorted BAM in " << outputFilename << endl;
  61     std::cerr << "FEATURE NOT YET IMPLEMENTED!" << std::endl;
  62
  63     // clean & exit
  64 //     reader.Close();
  65 //     writer.Close();
  66     return 0;
  67 }
  68
  69 } // namespace BamTools
  70
  71 #endif // BAMTOOLS_SORT_H