bamtools_sort.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_sortt.h (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 26 May 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Sorts an input BAM file (default by position) and stores in a new BAM file.
   9 // ***************************************************************************
  10
  11 #ifndef BAMTOOLS_SORT_H
  12 #define BAMTOOLS_SORT_H
  13
  14 #include <iostream>
  15 #include <string>
  16
  17 #include "BamReader.h"
  18 #include "bamtools_getopt.h"
  19
  20 namespace BamTools {
  21
  22 int BamSortHelp(void) {
  23     std::cerr << std::endl;
  24     std::cerr << "usage:\tbamtools sort [--in BAM file] [--out sorted BAM file]" << std::endl;
  25     std::cerr << "\t-i, --in\tInput BAM file to sort\t[default=stdin]" << std::endl;
  26     std::cerr << "\t-o. --out\tDestination of sorted BAM file\t[default=stdout]" << std::endl;
  27     std::cerr << std::endl;
  28     return 0;
  29 }
  30
  31 int RunBamSort(int argc, char* argv[]) {
  32
  33     // else parse command line for args
  34     GetOpt options(argc, argv, 1);
  35
  36     std::string inputFilename;
  37     options.addOption('i', "in", &inputFilename);
  38
  39     std::string outputFilename;
  40     options.addOption('o', "out", &outputFilename);
  41
  42     if ( !options.parse() ) return BamCoverageHelp();
  43     if ( inputFilename.empty() )  { inputFilename  = "stdin"; }
  44     if ( outputFilename.empty() ) { outputFilename = "stdout"; }
  45
  46     // open our BAM reader
  47 //     BamReader reader;
  48 //     reader.Open(inputFilename);
  49 //
  50 //     // retrieve header & reference dictionary info
  51 //     std::string header = reader.GetHeaderText();
  52 //     RefVector references = reader.GetReferenceData();
  53 //
  54 //     BamWriter writer;
  55 //     writer.Open(outputFilename, header, references);
  56 //
  57     // sort BAM file
  58     std::cerr << "Sorting " << inputFilename << std::endl;
  59     std::cerr << "Saving sorted BAM in " << outputFilename << endl;
  60     std::cerr << "FEATURE NOT YET IMPLEMENTED!" << std::endl;
  61
  62     // clean & exit
  63 //     reader.Close();
  64 //     writer.Close();
  65     return 0;
  66 }
  67
  68 } // namespace BamTools
  69
  70 #endif // BAMTOOLS_SORT_H