bamtools_sort.cpp

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_sort.cpp (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 26 May 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Sorts an input BAM file (default by position) and stores in a new BAM file.
   9 // ***************************************************************************
  10
  11 #include <iostream>
  12 #include <string>
  13
  14 #include "bamtools_sort.h"
  15 #include "bamtools_options.h"
  16 #include "BamReader.h"
  17
  18 using namespace std;
  19 using namespace BamTools;
  20
  21 // ---------------------------------------------
  22 // SortSettings implementation
  23
  24 struct SortTool::SortSettings {
  25
  26     // flags
  27     bool HasInputBamFilename;
  28     bool HasOutputBamFilename;
  29
  30     // filenames
  31     string InputBamFilename;
  32     string OutputBamFilename;
  33
  34     // constructor
  35     SortSettings(void)
  36         : HasInputBamFilename(false)
  37         , HasOutputBamFilename(false)
  38         , InputBamFilename(Options::StandardIn())
  39         , OutputBamFilename(Options::StandardOut())
  40     { }
  41 };
  42
  43 // ---------------------------------------------
  44 // SortTool implementation
  45
  46 SortTool::SortTool(void)
  47     : AbstractTool()
  48     , m_settings(new SortSettings)
  49 {
  50     // set program details
  51     Options::SetProgramInfo("bamtools sort", "sorts a BAM file", "[-in <filename>] [-out <filename>]");
  52
  53     // set up options
  54     OptionGroup* IO_Opts = Options::CreateOptionGroup("Input & Output");
  55     Options::AddValueOption("-in",  "BAM filename", "the input BAM file",  "", m_settings->HasInputBamFilename,  m_settings->InputBamFilename,  IO_Opts, Options::StandardIn());
  56     Options::AddValueOption("-out", "BAM filename", "the output BAM file", "", m_settings->HasOutputBamFilename, m_settings->OutputBamFilename, IO_Opts, Options::StandardOut());
  57 }
  58
  59 SortTool::~SortTool(void) {
  60     delete m_settings;
  61     m_settings = 0;
  62 }
  63
  64 int SortTool::Help(void) {
  65     Options::DisplayHelp();
  66     return 0;
  67 }
  68
  69 int SortTool::Run(int argc, char* argv[]) {
  70
  71     // parse command line arguments
  72     Options::Parse(argc, argv, 1);
  73
  74     // do sorting
  75
  76     return 0;
  77 }