bamtools_merge.cpp

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_merge.cpp (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 2 June 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Merges multiple BAM files into one.
   9 //
  10 // ** Provide selectable region? eg chr2:10000..20000
  11 //
  12 // ***************************************************************************
  13
  14 #include <iostream>
  15 #include <string>
  16 #include <vector>
  17
  18 #include "bamtools_merge.h"
  19 #include "bamtools_options.h"
  20 #include "bamtools_utilities.h"
  21 #include "BamMultiReader.h"
  22 #include "BamWriter.h"
  23
  24 using namespace std;
  25 using namespace BamTools;
  26
  27 // ---------------------------------------------
  28 // MergeSettings implementation
  29
  30 struct MergeTool::MergeSettings {
  31
  32     // flags
  33     bool HasInputBamFilename;
  34     bool HasOutputBamFilename;
  35 //     bool HasRegion;
  36
  37     // filenames
  38     vector<string> InputFiles;
  39
  40     // other parameters
  41     string OutputFilename;
  42 //     string Region;
  43
  44     // constructor
  45     MergeSettings(void)
  46         : HasInputBamFilename(false)
  47         , HasOutputBamFilename(false)
  48 //         , HasRegion(false)
  49         , OutputFilename(Options::StandardOut())
  50     { }
  51 };
  52
  53 // ---------------------------------------------
  54 // MergeTool implementation
  55
  56 MergeTool::MergeTool(void)
  57     : AbstractTool()
  58     , m_settings(new MergeSettings)
  59 {
  60     // set program details
  61     Options::SetProgramInfo("bamtools merge", "merges multiple BAM files into one", "[-in <filename> -in <filename> ...] [-out <filename>]");
  62
  63     // set up options
  64     OptionGroup* IO_Opts = Options::CreateOptionGroup("Input & Output");
  65     Options::AddValueOption("-in",  "BAM filename", "the input BAM file(s)", "", m_settings->HasInputBamFilename,  m_settings->InputFiles,     IO_Opts);
  66     Options::AddValueOption("-out", "BAM filename", "the output BAM file",   "", m_settings->HasOutputBamFilename, m_settings->OutputFilename, IO_Opts);
  67
  68 //     OptionGroup* FilterOpts = Options::CreateOptionGroup("Filters");
  69 //     Options::AddValueOption("-region", "REGION", "genomic region. See README for more details", "", m_settings->HasRegion, m_settings->Region, FilterOpts);
  70 }
  71
  72 MergeTool::~MergeTool(void) {
  73     delete m_settings;
  74     m_settings = 0;
  75 }
  76
  77 int MergeTool::Help(void) {
  78     Options::DisplayHelp();
  79     return 0;
  80 }
  81
  82 int MergeTool::Run(int argc, char* argv[]) {
  83
  84     // parse command line arguments
  85     Options::Parse(argc, argv, 1);
  86
  87      // set to default input if none provided
  88     if ( !m_settings->HasInputBamFilename ) m_settings->InputFiles.push_back(Options::StandardIn());
  89
  90     // opens the BAM files without checking for indexes
  91 //     BamMultiReader reader;
  92 //     reader.Open(m_settings->InputFiles, false);
  93
  94     BamReader reader;
  95     reader.Open(m_settings->InputFiles.at(0));
  96
  97     // retrieve header & reference dictionary info
  98     std::string mergedHeader = reader.GetHeaderText();
  99     RefVector references = reader.GetReferenceData();
 100
 101     // open BamWriter
 102     BamWriter writer;
 103     writer.Open(m_settings->OutputFilename, mergedHeader, references);
 104
 105     // store alignments to output file
 106 //     BamAlignment bAlignment;
 107 //     while (reader.GetNextAlignment(bAlignment)) {
 108 //         writer.SaveAlignment(bAlignment);
 109 //     }
 110
 111     BamAlignment bAlignment;
 112     while (reader.GetNextAlignment(bAlignment)) {
 113         writer.SaveAlignment(bAlignment);
 114     }
 115
 116     // clean & exit
 117     reader.Close();
 118     writer.Close();
 119     return 0;
 120 }