bamtools_index.cpp

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_index.cpp (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 26 May 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Creates a BAM index (".bai") file for the provided BAM file.
   9 // ***************************************************************************
  10
  11 #include <iostream>
  12 #include <string>
  13
  14 #include "bamtools_index.h"
  15 #include "bamtools_options.h"
  16 #include "BamReader.h"
  17
  18 using namespace std;
  19 using namespace BamTools;
  20
  21 // ---------------------------------------------
  22 // IndexSettings implementation
  23
  24 struct IndexTool::IndexSettings {
  25
  26     // flags
  27     bool HasInputBamFilename;
  28
  29     // filenames
  30     string InputBamFilename;
  31
  32     // constructor
  33     IndexSettings(void)
  34         : HasInputBamFilename(false)
  35         , InputBamFilename(Options::StandardIn())
  36     { }
  37 };
  38
  39 // ---------------------------------------------
  40 // IndexTool implementation
  41
  42 IndexTool::IndexTool(void)
  43     : AbstractTool()
  44     , m_settings(new IndexSettings)
  45 {
  46     // set program details
  47     Options::SetProgramInfo("bamtools index", "creates index for BAM file", "-in <filename>");
  48
  49     // set up options
  50     OptionGroup* IO_Opts = Options::CreateOptionGroup("Input & Output");
  51     Options::AddValueOption("-in", "BAM filename", "the input BAM file", "", m_settings->HasInputBamFilename, m_settings->InputBamFilename, IO_Opts, Options::StandardIn());
  52 }
  53
  54 IndexTool::~IndexTool(void) {
  55     delete m_settings;
  56     m_settings = 0;
  57 }
  58
  59 int IndexTool::Help(void) {
  60     Options::DisplayHelp();
  61     return 0;
  62 }
  63
  64 int IndexTool::Run(int argc, char* argv[]) {
  65
  66     // parse command line arguments
  67     Options::Parse(argc, argv, 1);
  68
  69     // open our BAM reader
  70     BamReader reader;
  71     reader.Open(m_settings->InputBamFilename);
  72
  73     // create index for BAM file
  74     reader.CreateIndex();
  75
  76     // clean & exit
  77     reader.Close();
  78     return 0;
  79 }