bamtools_coverage.cpp

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_coverage.cpp (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
   5 // ---------------------------------------------------------------------------
   6 // Last modified: 1 June 2010
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Prints coverage statistics for a single BAM file
   9 //
  10 // ** Expand to multiple??
  11 //
  12 // ***************************************************************************
  13
  14 #include <iostream>
  15 #include <string>
  16 #include <vector>
  17
  18 #include "bamtools_coverage.h"
  19 #include "bamtools_options.h"
  20 #include "BamReader.h"
  21
  22 using namespace std;
  23 using namespace BamTools;
  24
  25 // ---------------------------------------------
  26 // CoverageSettings implementation
  27
  28 struct CoverageTool::CoverageSettings {
  29
  30     // flags
  31     bool HasInputBamFilename;
  32
  33     // filenames
  34     std::string InputBamFilename;
  35
  36     // constructor
  37     CoverageSettings(void)
  38         : HasInputBamFilename(false)
  39         , InputBamFilename(Options::StandardIn())
  40     { }
  41 };
  42
  43 // ---------------------------------------------
  44 // CoverageTool implementation
  45
  46 CoverageTool::CoverageTool(void)
  47     : AbstractTool()
  48     , m_settings(new CoverageSettings)
  49 {
  50     // set program details
  51     Options::SetProgramInfo("bamtools coverage", "prints coverage stats for a BAM file", "-in <filename> ");
  52
  53     // set up options
  54     OptionGroup* IO_Opts = Options::CreateOptionGroup("Input & Output");
  55     Options::AddValueOption("-in", "BAM filename", "the input BAM file", "", m_settings->HasInputBamFilename, m_settings->InputBamFilename, IO_Opts, Options::StandardIn());
  56 }
  57
  58 CoverageTool::~CoverageTool(void) {
  59     delete m_settings;
  60     m_settings = 0;
  61 }
  62
  63 int CoverageTool::Help(void) {
  64     Options::DisplayHelp();
  65     return 0;
  66 }
  67
  68 int CoverageTool::Run(int argc, char* argv[]) {
  69
  70     // parse command line arguments
  71     Options::Parse(argc, argv, 1);
  72
  73     //open our BAM reader
  74     BamReader reader;
  75     reader.Open(m_settings->InputBamFilename);
  76
  77     // generate coverage stats
  78     cerr << "Generating coverage stats for " << m_settings->InputBamFilename << endl;
  79     cerr << "FEATURE NOT YET IMPLEMENTED!" << endl;
  80
  81     // clean & exit
  82     reader.Close();
  83     return 0;
  84 }