README

   1 ---------------
   2 README
   3 ----------------
   4
   5
   6 Significant re-write of BamReader API as of 5/18/2009:
   7 -------------------------------------------------------
   8 No longer using bgzf.h/.c
   9 No longer using libbambc.a library
  10 No longer using STL Utilities
  11 Minor changes to API syntax in opening BAM files with BamReader - see BamReader.h for details
  12
  13
  14 Compile instructions
  15 ----------------------
  16 Short version:
  17 See Makefile for compilation example.
  18
  19 Longer version:
  20 Copy BamAlignment.h, BamReader.* and/or BamWriter.* to working directory.
  21 #include "BamReader.h" and/or "BamWriter.h"
  22 Use standard compile commands, including the "-lz" parameter to access zlib functionality.
  23 (Note that "-L. -lbambc" are no longer necessary and WILL CAUSE PROBLEMS for compiler/linker )
  24
  25
  26 Feel free to email me or pop by my desk with any questions, comments, suggestions, etc.
  27   - Derek
  28