BamReader.h

   1 // ***************************************************************************\r
   2 // BamReader.h (c) 2009 Derek Barnett, Michael Str�mberg\r
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College\r
   4 // All rights reserved.\r
   5 // ---------------------------------------------------------------------------\r
   6 // Last modified: 16 June 2010 (DB)\r
   7 // ---------------------------------------------------------------------------\r
   8 // Uses BGZF routines were adapted from the bgzf.c code developed at the Broad\r
   9 // Institute.\r
  10 // ---------------------------------------------------------------------------\r
  11 // Provides the basic functionality for reading BAM files\r
  12 // ***************************************************************************\r
  13 \r
  14 #ifndef BAMREADER_H\r
  15 #define BAMREADER_H\r
  16 \r
  17 // C++ includes\r
  18 #include <string>\r
  19 \r
  20 // BamTools includes\r
  21 #include "BamAux.h"\r
  22 \r
  23 namespace BamTools {\r
  24   \r
  25 class BamReader {\r
  26 \r
  27     // constructor / destructor\r
  28     public:\r
  29         BamReader(void);\r
  30         ~BamReader(void);\r
  31 \r
  32     // public interface\r
  33     public:\r
  34 \r
  35         // ----------------------\r
  36         // BAM file operations\r
  37         // ----------------------\r
  38 \r
  39         // close BAM file\r
  40         void Close(void);\r
  41         // performs random-access jump to reference, position\r
  42         bool Jump(int refID, int position = 0);\r
  43         // opens BAM file (and optional BAM index file, if provided)\r
  44         void Open(const std::string& filename, const std::string& indexFilename = "");\r
  45         // returns file pointer to beginning of alignments\r
  46         bool Rewind(void);\r
  47         // sets a region of interest (with left & right bound reference/position)\r
  48         // attempts a Jump() to left bound as well\r
  49         // returns success/failure of Jump()\r
  50         bool SetRegion(const BamRegion& region);\r
  51         bool SetRegion(const int& leftRefID, const int& leftBound, const int& rightRefID, const int& rightBound);\r
  52 \r
  53         // ----------------------\r
  54         // access alignment data\r
  55         // ----------------------\r
  56 \r
  57         // retrieves next available alignment (returns success/fail)\r
  58         bool GetNextAlignment(BamAlignment& bAlignment);\r
  59         \r
  60         // retrieves next available alignment core data (returns success/fail)\r
  61         // ** DOES NOT parse any character data (bases, qualities, tag data)\r
  62         //    these can be accessed, if necessary, from the supportData \r
  63         // useful for operations requiring ONLY positional or other alignment-related information\r
  64         bool GetNextAlignmentCore(BamAlignment& bAlignment);\r
  65 \r
  66         // ----------------------\r
  67         // access auxiliary data\r
  68         // ----------------------\r
  69 \r
  70         // returns SAM header text\r
  71         const std::string GetHeaderText(void) const;\r
  72         // returns number of reference sequences\r
  73         int GetReferenceCount(void) const;\r
  74         // returns vector of reference objects\r
  75         const BamTools::RefVector GetReferenceData(void) const;\r
  76         // returns reference id (used for BamReader::Jump()) for the given reference name\r
  77         int GetReferenceID(const std::string& refName) const;\r
  78         // returns the name of the file associated with this BamReader\r
  79         const std::string GetFilename(void) const;\r
  80 \r
  81         // ----------------------\r
  82         // BAM index operations\r
  83         // ----------------------\r
  84 \r
  85         // creates index for BAM file, saves to file (default = bamFilename + ".bai")\r
  86         bool CreateIndex(void);\r
  87 \r
  88     // private implementation\r
  89     private:\r
  90         struct BamReaderPrivate;\r
  91         BamReaderPrivate* d;\r
  92 };\r
  93 \r
  94 } // namespace BamTools\r
  95 \r
  96 #endif // BAMREADER_H\r