BamMultiMergeMain.cpp

   1 #include "BamMultiReader.h"\r
   2 #include "BamWriter.h"\r
   3 #include <boost/algorithm/string.hpp>\r
   4 #include <iostream>\r
   5 \r
   6 using namespace BamTools;\r
   7 using namespace std;\r
   8 \r
   9 int main(int argc, char** argv) {\r
  10 \r
  11     if (argc == 1) {\r
  12         cerr << "USAGE: ./BamMultiMerge <output file> [input files]" << endl;\r
  13         exit(0);\r
  14     }\r
  15 \r
  16     string outputFilename = argv[1];\r
  17 \r
  18     BamMultiReader reader;\r
  19     vector<string> filenames;\r
  20     for (int i = 2; i<argc; ++i) {\r
  21         filenames.push_back(argv[i]);\r
  22     }\r
  23 \r
  24     reader.Open(filenames);\r
  25 \r
  26     //cerr << "merging to " << outputFilename << endl;\r
  27     string mergedHeader = reader.GetUnifiedHeaderText();\r
  28     //cerr << "mergedHeader = " << endl << mergedHeader << endl;\r
  29 \r
  30     // check that we are merging files which have the same sets of references\r
  31     RefVector references;\r
  32     int referencesSize = 0; bool first = true;\r
  33     for (int i = 2; i<argc; ++i) {\r
  34         BamReader areader;\r
  35         areader.Open( argv[i] );\r
  36         if (first) {\r
  37             references = areader.GetReferenceData();\r
  38             referencesSize = references.size();\r
  39             first = false;\r
  40         } else {\r
  41             RefVector newreferences = areader.GetReferenceData();\r
  42             int i = 0;\r
  43             for (RefVector::const_iterator it = references.begin(); it != references.end(); it++) {\r
  44                 if (newreferences.at(i++).RefName != it->RefName) {\r
  45                     cerr << "BAM FILES ALIGNED AGAINST DIFFERING SETS OF REFERENCES, NOT MERGING" << endl;\r
  46                     exit(1);\r
  47                 }\r
  48             }\r
  49         }\r
  50     }\r
  51 \r
  52     // open BamWriter\r
  53     BamWriter writer;\r
  54     writer.Open( outputFilename.c_str(), mergedHeader, references);\r
  55 \r
  56     BamAlignment bAlignment;\r
  57     while (reader.GetNextAlignment(bAlignment)) {\r
  58         // write to output file\r
  59         writer.SaveAlignment(bAlignment);\r
  60     }\r
  61 \r
  62     // close output file\r
  63     writer.Close();\r
  64     // close input files\r
  65     reader.Close();\r
  66 \r
  67     //cerr << "done" << endl;\r
  68 \r
  69     return 0;\r
  70 }\r