src/tree_phylo.c

   1 /* tree_phylo.c    2008-01-14 */
   2
   3 /* Copyright 2008 Emmanuel Paradis */
   4
   5 /* This file is part of the R-package `ape'. */
   6 /* See the file ../COPYING for licensing issues. */
   7
   8 #include "me.h"
   9
  10 /* from newick.c */
  11 int leaf(node *v);
  12
  13 static int curnod, curtip, iedge;
  14
  15 #define DO_EDGE\
  16         el[iedge] = EDGE->distance;\
  17         if (leaf(EDGE->head)) {\
  18                 edge2[iedge] = curtip;\
  19                 strncpy(tl[curtip - 1], EDGE->head->label, 6);\
  20                 iedge++;\
  21                 curtip++;\
  22         } else {\
  23                 edge2[iedge] = curnod;\
  24                 iedge++;\
  25                 subtree2phylo(EDGE->head, edge1, edge2, el, tl);\
  26         }
  27
  28 void subtree2phylo(node *parent, int *edge1, int *edge2, double *el, char **tl)
  29 {
  30         edge *EDGE; int localnode;
  31
  32         EDGE = parent->leftEdge;
  33 /* 'localnode' keeps a copy of the node ancestor # between
  34    the two (recursive) calls of subtree2phylo */
  35         localnode = edge1[iedge] = curnod;
  36         curnod++;
  37         DO_EDGE
  38
  39         EDGE = parent->rightEdge;
  40         edge1[iedge] = localnode;
  41         DO_EDGE
  42 }
  43
  44 /*
  45 transforms a 'tree' struc of pointers into an object of class "phylo"
  46 assumes the tree is unrooted and binary, so there are 2n - 3 edges
  47 assumes labels are 6-char long
  48 */
  49 void tree2phylo(tree *T, int *edge1, int *edge2, double *el, char **tl, int n)
  50 {
  51         edge *EDGE;
  52         curnod = n + 1; /* the root for ape */
  53
  54 /* there's in fact only one edge from the "root" which is
  55    a tip in ape's terminology (i.e., a node of degree 1) */
  56
  57         EDGE = T->root->leftEdge;
  58         edge1[0] = curnod;
  59         edge2[0] = 1; /* <- the 1st tip */
  60         strncpy(tl[0], T->root->label, 6);
  61         el[0] = EDGE->distance;
  62         /* now can initialize these two: */
  63         curtip = 2; /* <- the 2nd tip */
  64         iedge = 1; /* <- the 2nd edge */
  65         edge1[iedge] = curnod;
  66
  67 /* 'T->root->leftEdge->head' is the root for ape,
  68    so don't need to test if it's a leaf */
  69
  70         subtree2phylo(EDGE->head, edge1, edge2, el, tl);
  71 }