src/plot_phylo.c

   1 /* plot_phylo.c (2011-06-23) */
   2
   3 /* Copyright 2004-2011 Emmanuel Paradis
   4
   5 /* This file is part of the R-package `ape'. */
   6 /* See the file ../COPYING for licensing issues. */
   7
   8 #include <R.h>
   9
  10 void node_depth_edgelength(int *ntip, int *nnode, int *edge1, int *edge2,
  11                            int *nedge, double *edge_length, double *xx)
  12 {
  13     int i;
  14
  15     /* We do a preorder tree traversal starting from the bottom */
  16     /* of `edge'; we assume `xx' has 0 for the root and the tree */
  17     /* is in pruningwise order. */
  18     for (i = *nedge - 1; i >= 0; i--)
  19       xx[edge2[i] - 1] = xx[edge1[i] - 1] + edge_length[i];
  20 }
  21
  22 void node_depth(int *ntip, int *nnode, int *edge1, int *edge2,
  23                 int *nedge, double *xx)
  24 {
  25     int i;
  26
  27     /* First set the coordinates for all tips */
  28     for (i = 0; i < *ntip; i++) xx[i] = 1;
  29
  30     /* Then compute recursively for the nodes; we assume `xx' has */
  31     /* been initialized with 0's which is true if it has been */
  32     /* created in R (the tree must be in pruningwise order) */
  33     for (i = 0; i < *nedge; i++)
  34       xx[edge1[i] - 1] = xx[edge1[i] - 1] + xx[edge2[i] - 1];
  35 }
  36
  37 void node_height(int *ntip, int *nnode, int *edge1, int *edge2,
  38                 int *nedge, double *yy)
  39 {
  40     int i, n;
  41     double S;
  42
  43     /* The coordinates of the tips have been already computed */
  44
  45     S = 0;
  46     n = 0;
  47     for (i = 0; i < *nedge; i++) {
  48         S += yy[edge2[i] - 1];
  49         n += 1;
  50         if (edge1[i + 1] != edge1[i]) {
  51             yy[edge1[i] - 1] = S/n;
  52             S = 0;
  53             n = 0;
  54         }
  55     }
  56 }
  57
  58 void node_height_clado(int *ntip, int *nnode, int *edge1, int *edge2,
  59                        int *nedge, double *xx, double *yy)
  60 {
  61     int i, n;
  62     double S;
  63
  64     node_depth(ntip, nnode, edge1, edge2, nedge, xx);
  65
  66     /* The coordinates of the tips have been already computed */
  67
  68     S = 0;
  69     n = 0;
  70     for (i = 0; i < *nedge; i++) {
  71         S += yy[edge2[i] - 1] * xx[edge2[i] - 1];
  72         n += xx[edge2[i] - 1];
  73         if (edge1[i + 1] != edge1[i]) {
  74             yy[edge1[i] - 1] = S/n;
  75             S = 0;
  76             n = 0;
  77         }
  78     }
  79 }
  80
  81 void get_single_index_integer(int *x, int *val, int *index)
  82 {
  83         while (x[*index] != *val) (*index)++;
  84         *index += 1;
  85 }
  86
  87 void get_two_index_integer(int *x, int *val, int *index)
  88 {
  89         while (x[index[0]] != *val) index[0]++;
  90         index[1] = index[0] + 1;
  91         while (x[index[1]] != *val) index[1]++;
  92         index[0] += 1;
  93         index[1] += 1;
  94 }