src/plot_phylo.c

   1 /* plot_phylo.c (2006-10-13) */
   2
   3 /* Copyright 2004-2006 Emmanuel Paradis
   4
   5 /* This file is part of the R-package `ape'. */
   6 /* See the file ../COPYING for licensing issues. */
   7
   8 #include <R.h>
   9
  10 void node_depth_edgelength(int *ntip, int *nnode, int *edge1, int *edge2,
  11                            int *nedge, double *edge_length, double *xx)
  12 {
  13     int i;
  14
  15     /* We do a preorder tree traversal starting from the bottom */
  16     /* of `edge'; we assume `xx' has 0 for the root and the tree */
  17     /* is in pruningwise order. */
  18     for (i = *nedge - 1; i >= 0; i--)
  19       xx[edge2[i] - 1] = xx[edge1[i] - 1] + edge_length[i];
  20 }
  21
  22 void node_depth(int *ntip, int *nnode, int *edge1, int *edge2,
  23                 int *nedge, double *xx)
  24 {
  25     int i;
  26
  27     /* First set the coordinates for all tips */
  28     for (i = 0; i < *ntip; i++) xx[i] = 1;
  29
  30     /* Then compute recursively for the nodes; we assume `xx' has */
  31     /* been initialized with 0's which is true if it has been */
  32     /* created in R (the tree must be in pruningwise order) */
  33     for (i = 0; i < *nedge; i++)
  34       xx[edge1[i] - 1] = xx[edge1[i] - 1] + xx[edge2[i] - 1];
  35 }
  36
  37 void node_height(int *ntip, int *nnode, int *edge1, int *edge2,
  38                 int *nedge, double *yy)
  39 {
  40     int i, k, n;
  41     double S;
  42
  43     /* The coordinates of the tips have been already computed */
  44
  45     k = 1;
  46     S = 0;
  47     n = 0;
  48     for (i = 0; i < *nedge; i++) {
  49         S += yy[edge2[i] - 1];
  50         n += 1;
  51         if (edge1[i + 1] != edge1[i]) {
  52             yy[edge1[i] - 1] = S/n;
  53             S = 0;
  54             n = 0;
  55         }
  56     }
  57 }
  58
  59 void node_height_clado(int *ntip, int *nnode, int *edge1, int *edge2,
  60                        int *nedge, double *xx, double *yy)
  61 {
  62     int i, k, n;
  63     double S;
  64
  65     node_depth(ntip, nnode, edge1, edge2, nedge, xx);
  66
  67     /* The coordinates of the tips have been already computed */
  68
  69     k = 1;
  70     S = 0;
  71     n = 0;
  72     for (i = 0; i < *nedge; i++) {
  73         S += yy[edge2[i] - 1] * xx[edge2[i] - 1];
  74         n += xx[edge2[i] - 1];
  75         if (edge1[i + 1] != edge1[i]) {
  76             yy[edge1[i] - 1] = S/n;
  77             S = 0;
  78             n = 0;
  79         }
  80     }
  81 }