src/me.h

   1 //#include <stdio.h>
   2 //#include <stdlib.h>
   3 //#include <math.h>
   4 //#include <string.h>
   5 //#include <sys/types.h>
   6 //#include <sys/stat.h>
   7 //#include "main.h"
   8 //#include "graph.h"
   9 #include <R.h>
  10
  11 #ifndef NONE
  12 #define NONE 0
  13 #endif
  14 #ifndef UP
  15 #define UP 1
  16 #endif
  17 #ifndef DOWN
  18 #define DOWN 2
  19 #endif
  20 #ifndef LEFT
  21 #define LEFT 3
  22 #endif
  23 #ifndef RIGHT
  24 #define RIGHT 4
  25 #endif
  26 #ifndef SKEW
  27 #define SKEW 5
  28 #endif
  29 #ifndef MAX_LABEL_LENGTH
  30 #define MAX_LABEL_LENGTH 30
  31 #endif
  32 #ifndef NODE_LABEL_LENGTH
  33 #define NODE_LABEL_LENGTH 30
  34 #endif
  35 #ifndef EDGE_LABEL_LENGTH
  36 #define EDGE_LABEL_LENGTH 30
  37 #endif
  38 #ifndef MAX_DIGITS
  39 #define MAX_DIGITS 20
  40 #endif
  41 #ifndef INPUT_SIZE
  42 #define INPUT_SIZE 100
  43 #endif
  44 #ifndef MAX_INPUT_SIZE
  45 #define MAX_INPUT_SIZE 100000
  46 #endif
  47 #ifndef EPSILON
  48 #define EPSILON 1.E-06
  49 #endif
  50 #ifndef ReadOpenParenthesis
  51 #define ReadOpenParenthesis 0
  52 #endif
  53 #ifndef ReadSubTree
  54 #define ReadSubTree 1
  55 #endif
  56 #ifndef ReadLabel
  57 #define ReadLabel 2
  58 #endif
  59 #ifndef ReadWeight
  60 #define ReadWeight 3
  61 #endif
  62 #ifndef AddEdge
  63 #define AddEdge 4
  64 #endif
  65
  66 #define XINDEX(i, j) n*(i - 1) - i*(i - 1)/2 + j - i - 1
  67
  68 typedef struct word
  69 {
  70   char name[MAX_LABEL_LENGTH];
  71   struct word *suiv;
  72 }WORD;
  73
  74 typedef struct pointers
  75 {
  76   WORD *head;
  77   WORD *tail;
  78 }POINTERS;
  79
  80 typedef struct node {
  81   char label[NODE_LABEL_LENGTH];
  82   struct edge *parentEdge;
  83   struct edge *leftEdge;
  84   struct edge *middleEdge;
  85   struct edge *rightEdge;
  86   int index;
  87   int index2;
  88 } node;
  89
  90 typedef struct edge {
  91   char label[EDGE_LABEL_LENGTH];
  92   struct node *tail; /*for edge (u,v), u is the tail, v is the head*/
  93   struct node *head;
  94   int bottomsize; /*number of nodes below edge */
  95   int topsize;    /*number of nodes above edge */
  96   double distance;
  97   double totalweight;
  98 } edge;
  99
 100 typedef struct tree {
 101   char name[MAX_LABEL_LENGTH];
 102   struct node *root;
 103   int size;
 104   double weight;
 105 } tree;
 106
 107 typedef struct set
 108 {
 109   struct node *firstNode;
 110   struct set *secondNode;
 111 } set;
 112
 113 void me_b(double *X, int *N, char **labels, char **treeStr, int *nni);
 114 void me_o(double *X, int *N, char **labels, char **treeStr, int *nni);
 115 int whiteSpace(char c);
 116 double **initDoubleMatrix(int d);
 117 double **loadMatrix (double *X, char **labels, int n, set *S);
 118 set *addToSet(node *v, set *X);
 119 node *makeNewNode(char *label, int i);
 120 node *makeNode(char *label, edge *parentEdge, int index);
 121 node *copyNode(node *v);
 122 edge *siblingEdge(edge *e);
 123 edge *makeEdge(char *label, node *tail, node *head, double weight);
 124 tree *newTree();
 125 void updateSizes(edge *e, int direction);
 126 tree *detrifurcate(tree *T);
 127 void compareSets(tree *T, set *S);
 128 void partitionSizes(tree *T);
 129 edge *depthFirstTraverse(tree *T, edge *e);
 130 edge *findBottomLeft(edge *e);
 131 edge *moveRight(edge *e);
 132 edge *topFirstTraverse(tree *T, edge *e);
 133 edge *moveUpRight(edge *e);
 134 void freeMatrix(double **D, int size);
 135 void freeSet(set *S);
 136 void freeTree(tree *T);
 137 void freeSubTree(edge *e);
 138 int leaf(node *v);
 139 tree *readNewickString (char *str, int numLeaves);
 140 node *decodeNewickSubtree(char *treeString, tree *T, int *uCount);
 141 void NewickPrintSubtree(tree *T, edge *e, char *str);
 142 void NewickPrintBinaryTree(tree *T, char *str);
 143 void NewickPrintTrinaryTree(tree *T, char *str);
 144 void NewickPrintTreeStr(tree *T, char *str);
 145