src/me.h

   1 /* me.h    2008-01-14 */
   2
   3 /* Copyright 2007-2008 Vincent Lefort, modified by Emmanuel Paradis */
   4
   5 /* This file is part of the R-package `ape'. */
   6 /* See the file ../COPYING for licensing issues. */
   7
   8 #include <R.h>
   9
  10 #ifndef NONE
  11 #define NONE 0
  12 #endif
  13 #ifndef UP
  14 #define UP 1
  15 #endif
  16 #ifndef DOWN
  17 #define DOWN 2
  18 #endif
  19 #ifndef LEFT
  20 #define LEFT 3
  21 #endif
  22 #ifndef RIGHT
  23 #define RIGHT 4
  24 #endif
  25 #ifndef SKEW
  26 #define SKEW 5
  27 #endif
  28 #ifndef MAX_LABEL_LENGTH
  29 #define MAX_LABEL_LENGTH 30
  30 #endif
  31 #ifndef NODE_LABEL_LENGTH
  32 #define NODE_LABEL_LENGTH 30
  33 #endif
  34 #ifndef EDGE_LABEL_LENGTH
  35 #define EDGE_LABEL_LENGTH 30
  36 #endif
  37 #ifndef MAX_DIGITS
  38 #define MAX_DIGITS 20
  39 #endif
  40 /* #ifndef INPUT_SIZE */
  41 /* #define INPUT_SIZE 100 */
  42 /* #endif */
  43 #ifndef MAX_INPUT_SIZE
  44 #define MAX_INPUT_SIZE 100000
  45 #endif
  46 #ifndef EPSILON
  47 #define EPSILON 1.E-06
  48 #endif
  49 #ifndef ReadOpenParenthesis
  50 #define ReadOpenParenthesis 0
  51 #endif
  52 #ifndef ReadSubTree
  53 #define ReadSubTree 1
  54 #endif
  55 #ifndef ReadLabel
  56 #define ReadLabel 2
  57 #endif
  58 #ifndef ReadWeight
  59 #define ReadWeight 3
  60 #endif
  61 #ifndef AddEdge
  62 #define AddEdge 4
  63 #endif
  64
  65 #define XINDEX(i, j) n*(i - 1) - i*(i - 1)/2 + j - i - 1
  66
  67 typedef struct word
  68 {
  69   char name[MAX_LABEL_LENGTH];
  70   struct word *suiv;
  71 } WORD;
  72
  73 typedef struct pointers
  74 {
  75   WORD *head;
  76   WORD *tail;
  77 } POINTERS;
  78
  79 typedef struct node {
  80   char label[NODE_LABEL_LENGTH];
  81   struct edge *parentEdge;
  82   struct edge *leftEdge;
  83   struct edge *middleEdge;
  84   struct edge *rightEdge;
  85   int index;
  86   int index2;
  87 } node;
  88
  89 typedef struct edge {
  90   char label[EDGE_LABEL_LENGTH];
  91   struct node *tail; /*for edge (u,v), u is the tail, v is the head*/
  92   struct node *head;
  93   int bottomsize; /*number of nodes below edge */
  94   int topsize;    /*number of nodes above edge */
  95   double distance;
  96   double totalweight;
  97 } edge;
  98
  99 typedef struct tree {
 100   char name[MAX_LABEL_LENGTH];
 101   struct node *root;
 102   int size;
 103   double weight;
 104 } tree;
 105
 106 typedef struct set
 107 {
 108   struct node *firstNode;
 109   struct set *secondNode;
 110 } set;
 111
 112 void me_b(double *X, int *N, char **labels, int *nni, int *spr, int *tbr, int *edge1, int *edge2, double *el, char **tl);
 113 void me_o(double *X, int *N, char **labels, int *nni, int *edge1, int *edge2, double *el, char **tl);
 114 //int whiteSpace(char c);
 115 double **initDoubleMatrix(int d);
 116 double **loadMatrix (double *X, char **labels, int n, set *S);
 117 set *addToSet(node *v, set *X);
 118 node *makeNewNode(char *label, int i);
 119 node *makeNode(char *label, edge *parentEdge, int index);
 120 node *copyNode(node *v);
 121 edge *siblingEdge(edge *e);
 122 edge *makeEdge(char *label, node *tail, node *head, double weight);
 123 tree *newTree();
 124 void updateSizes(edge *e, int direction);
 125 tree *detrifurcate(tree *T);
 126 void compareSets(tree *T, set *S);
 127 void partitionSizes(tree *T);
 128 edge *depthFirstTraverse(tree *T, edge *e);
 129 edge *findBottomLeft(edge *e);
 130 edge *moveRight(edge *e);
 131 edge *topFirstTraverse(tree *T, edge *e);
 132 edge *moveUpRight(edge *e);
 133 void freeMatrix(double **D, int size);
 134 void freeSet(set *S);
 135 void freeTree(tree *T);
 136 void freeSubTree(edge *e);
 137 int whiteSpace(char c);
 138 int leaf(node *v);
 139 node *decodeNewickSubtree(char *treeString, tree *T, int *uCount);
 140 tree *readNewickString (char *str, int numLeaves);
 141 void subtree2phylo(node *parent, int *edge1, int *edge2, double *el, char **tl);
 142 void tree2phylo(tree *T, int *edge1, int *edge2, double *el, char **tl, int n);