src/ape.h

   1 /* ape.h    2011-10-11 */
   2
   3 /* Copyright 2011 Emmanuel Paradis */
   4
   5 /* This file is part of the R-package `ape'. */
   6 /* See the file ../COPYING for licensing issues. */
   7
   8 #include <R.h>
   9
  10 #define DINDEX(i, j) n*(i - 1) - i*(i - 1)/2 + j - i - 1
  11
  12 /* in ape.c */
  13 int give_index(int i, int j, int n);
  14
  15 /* in njs.c */
  16 void choosePair(double* D, int n, double* R, int* s, int* sw, int* x, int* y, int fS);
  17 double cnxy(int x, int y, int n, double* D);
  18 int mxy(int x,int y, int n, double* D);
  19 double nxy(int x, int y, int n, double* D);
  20 int cxy(int x, int y, int n, double* D);
  21
  22 /* in triangMtd.c */
  23 void triangMtd(double* d, int* np, int* ed1, int* ed2, double* edLen);
  24 int * getPathBetween(int x, int y, int n, int* ed1, int* ed2, int numEdges);
  25 int give_indexx(int i, int j, int n); /* a variant of the above */
  26