man/write.tree.Rd

   1 \name{write.tree}
   2 \alias{write.tree}
   3 \title{Write Tree File in Parenthetic Format}
   4 \usage{
   5 write.tree(phy, file = "", append = FALSE,
   6            digits = 10, tree.names = FALSE)
   7 }
   8 \arguments{
   9   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"} or \code{"multiPhylo"}.}
  10   \item{file}{a file name specified by either a variable of mode character,
  11     or a double-quoted string; if \code{file = ""} (the default) then the
  12     tree is written on the standard output connection (i.e. the console).}
  13   \item{append}{a logical, if \code{TRUE} the tree is appended to the file
  14     without erasing the data possibly existing in the file, otherwise
  15     the file (if it exists) is overwritten (\code{FALSE} the default).}
  16   \item{digits}{a numeric giving the number of digits used for printing
  17     branch lengths.}
  18   \item{tree.names}{either a logical or a vector of mode character. If
  19     \code{TRUE} then any tree names will be written prior to the tree on
  20     each line. If character, specifies the name of \code{"phylo"}
  21     objects which can be written to the file.}
  22 }
  23 \description{
  24   This function writes in a file a tree in parenthetic format using the
  25   Newick (also known as New Hampshire) format.
  26 }
  27 \value{
  28   a vector of mode character if \code{file = ""}, none (invisible
  29   \code{NULL}) otherwise.
  30 }
  31 \details{
  32   The node labels and the root edge length, if available, are written in
  33   the file.
  34
  35   If \code{tree.names == TRUE} then a variant of the Newick format is
  36   written for which the name of a tree precedes the Newick format tree
  37   (parentheses are eventually deleted beforehand). The tree names are
  38   taken from the \code{names} attribute if present (they are ignored if
  39   \code{tree.names} is a character vector).
  40 }
  41 \references{
  42   Felsenstein, J. The Newick tree format.
  43   \url{http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html}
  44
  45   Olsen, G. Interpretation of the "Newick's 8:45" tree format standard.
  46   \url{http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newick_doc.html}
  47 }
  48
  49 \author{Emmanuel Paradis, Daniel Lawson
  50   \email{dan.lawson@bristol.ac.uk}, and Klaus Schliep
  51   \email{kschliep@snv.jussieu.fr}}
  52 \seealso{
  53   \code{\link{read.tree}}, \code{\link{read.nexus}},
  54   \code{\link{write.nexus}}
  55 }
  56 \keyword{manip}
  57 \keyword{IO}