man/write.nexus.Rd

   1 \name{write.nexus}
   2 \alias{write.nexus}
   3 \title{Write Tree File in Nexus Format}
   4 \usage{
   5 write.nexus(..., file = "", translate = TRUE, original.data = NULL)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{\dots}{either (i) a single object of class \code{"phylo"}, (ii) a
   9     series of such objects separated by commas, or (iii) a list
  10     containing such objects.}
  11   \item{file}{a file name specified by either a variable of mode character,
  12     or a double-quoted string; if \code{file = ""} (the default) then the
  13     tree is written on the standard output connection.}
  14   \item{translate}{a logical, if \code{TRUE} (the default) a translation
  15     of the tip labels is done which are replaced in the parenthetic
  16     representation with tokens.}
  17   \item{original.data}{deprecated; will be removed soon.}
  18 }
  19 \description{
  20   This function writes trees in a file with the NEXUS format.
  21 }
  22 \details{
  23   If several trees are given, they must have all the same tip labels.
  24
  25   If among the objects given some are not trees of class \code{"phylo"},
  26   they are simply skipped and not written to the file.
  27 }
  28 \value{
  29   None (invisible `NULL').
  30 }
  31 \references{
  32   Maddison, D. R., Swofford, D. L. and Maddison, W. P. (1997) NEXUS: an
  33   extensible file format for systematic information. \emph{Systematic
  34     Biology}, \bold{46}, 590--621.
  35 }
  36
  37 \author{Emmanuel Paradis}
  38 \seealso{
  39   \code{\link{read.nexus}}, \code{\link{read.tree}},
  40   \code{\link{write.tree}}, \code{\link{read.nexus.data}},
  41   \code{\link{write.nexus.data}}
  42 }
  43 \keyword{manip}
  44 \keyword{IO}