man/where.Rd

   1 \name{where}
   2 \alias{where}
   3 \title{Find Patterns in DNA Sequences}
   4 \description{
   5   This function finds patterns in a single or a set of DNA sequences.
   6 }
   7 \usage{
   8 where(x, pattern)
   9 }
  10 \arguments{
  11   \item{x}{an object of class \code{"DNAbin"}.}
  12   \item{pattern}{a character string to be searched in \code{x}.}
  13 }
  14 \details{
  15   If \code{x} is a vector, the function returns a single vector giving
  16   the position(s) where the pattern was found. If \code{x} is a matrix
  17   or a list, it returns a list with the positions of the pattern for
  18   each sequence.
  19
  20   Patterns may be overlapping. For instance, if \code{pattern = "tata"}
  21   and the sequence starts with `tatata', then the vector returned will
  22   be c(1, 3).
  23 }
  24 \value{
  25   a vector of integers or a list of such vectors.
  26 }
  27 \author{Emmanuel Paradis}
  28 \seealso{
  29   \code{\link{DNAbin}}, \code{\link{image.DNAbin}}
  30 }
  31 \examples{
  32 data(woodmouse)
  33 where(woodmouse, "tata")
  34 }
  35 \keyword{manip}