man/vcv.phylo.Rd

   1 \name{vcv}
   2 \alias{vcv}
   3 \alias{vcv.phylo}
   4 \alias{vcv.corPhyl}
   5 \title{Phylogenetic Variance-covariance or Correlation Matrix}
   6 \usage{
   7 vcv(phy, ...)
   8 \method{vcv}{phylo}(phy, model = "Brownian", corr = FALSE, ...)
   9 \method{vcv}{corPhyl}(phy, corr = FALSE, ...)
  10 }
  11 \arguments{
  12   \item{phy}{an object of the correct class (see above).}
  13   \item{model}{a character giving the model used to compute the
  14     variances and covariances; only \code{"Brownian"} is available (for
  15     other models, a correlation structure may be used).}
  16   \item{corr}{a logical indicating whether the correlation matrix should
  17     be returned (\code{TRUE}); by default the variance-covariance matrix
  18     is returned (\code{FALSE}).}
  19   \item{\dots}{further arguments to be passed to or from other methods.}
  20 }
  21 \description{
  22   This function computes the expected variances and covariances of a
  23   continuous trait assuming it evolves under a given model.
  24
  25   This is a generic function with methods for objects of class
  26   \code{"phylo"} and \code{"corPhyl"}.
  27 }
  28 \value{
  29   a numeric matrix with the names of the tips as colnames and rownames.
  30 }
  31 \references{
  32   Garland, T. Jr. and Ives, A. R. (2000) Using the past to predict the
  33   present: confidence intervals for regression equations in phylogenetic
  34   comparative methods. \emph{American Naturalist}, \bold{155}, 346--364.
  35 }
  36
  37 \author{Emmanuel Paradis}
  38 \note{
  39   Do not confuse this function with \code{\link[stats]{vcov}} which
  40   computes the variance-covariance matrix among parameters of a fitted
  41   model object.
  42 }
  43 \seealso{
  44   \code{\link{corBrownian}}, \code{\link{corMartins}},
  45   \code{\link{corGrafen}}, \code{\link{corPagel}},
  46   \code{\link{corBlomberg}}
  47 }
  48 \examples{
  49 tr <- rtree(5)
  50 ## all are the same:
  51 vcv(tr)
  52 vcv(corBrownian(1, tr))
  53 vcv(corPagel(1, tr))
  54 }
  55 \keyword{manip}
  56 \keyword{multivariate}