man/vcv.phylo.Rd

   1 \name{vcv.phylo}
   2 \alias{vcv.phylo}
   3 \title{Phylogenetic Variance-covariance or Correlation Matrix}
   4 \usage{
   5 vcv.phylo(phy, model = "Brownian", cor = FALSE)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"}.}
   9   \item{model}{a character giving the model used to compute the
  10     variances and covariances of the phynotype; by default
  11     \code{"Brownian"}. Currently only the Brownian model is available.}
  12   \item{cor}{a logical indicating whether the correlation matrix should
  13     be returned (\code{TRUE}); by default the variance-covariance matrix
  14     is returned (\code{FALSE}).}
  15 }
  16 \description{
  17   This function computes the expected variances and covariances of a
  18   continuous phenotype assuming it evolves under a given model
  19   (currently only the model of Brownian motion is available).
  20 }
  21 \value{
  22   a numeric matrix with the names of the tips (as given by the \code{tip.label}
  23   of the argument \code{phy}) as colnames and rownames.
  24 }
  25 \references{
  26   Garland, T. Jr. and Ives, A. R. (2000) Using the past to predict the
  27   present: confidence intervals for regression equations in phylogenetic
  28   comparative methods. \emph{American Naturalist}, \bold{155}, 346--364.
  29 }
  30
  31 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  32 \seealso{
  33   \code{\link{read.tree}} to read tree files in Newick format
  34 }
  35 \keyword{manip}
  36 \keyword{multivariate}