man/unique.multiPhylo.Rd

   1 \name{unique.multiPhylo}
   2 \alias{unique.multiPhylo}
   3 \title{Revomes Duplicate Trees}
   4 \description{
   5   This function scans a list of trees, and returns a list with the
   6   duplicate trees removed. By default the labelled topologies are
   7   compared.
   8 }
   9 \usage{
  10 \method{unique}{multiPhylo}(x, incomparables = FALSE,
  11         use.edge.length = FALSE,
  12         use.tip.label = TRUE, ...)
  13 }
  14 \arguments{
  15   \item{x}{an object of class \code{"multiPhylo"}.}
  16   \item{incomparables}{unused (for compatibility with the generic).}
  17   \item{use.edge.length}{a logical specifying whether to consider the edge
  18     lengths in the comparisons; the default is \code{FALSE}.}
  19   \item{use.tip.label}{a logical specifying whether to consider the tip
  20     labels in the comparisons; the default is \code{TRUE}.}
  21   \item{\dots}{further arguments passed to or from other methods.}
  22 }
  23 \value{
  24   an object of class \code{"multiPhylo"} which is a list of objects of
  25   class \code{"phylo"}.
  26 }
  27 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  28 \seealso{
  29   \code{all.equal.phylo}, \code{\link[base]{unique}} for the generic R
  30   function, \code{read.tree}, \code{read.nexus}
  31 }
  32 \examples{
  33 TR <- rmtree(50, 4)
  34 length(unique(TR)) # not always 15...
  35 howmanytrees(4)
  36 }
  37 \keyword{manip}