man/theta.s.Rd

   1 \name{theta.s}
   2 \alias{theta.s}
   3 \title{Population Parameter THETA using Segregating Sites
   4   in DNA Sequences}
   5 \usage{
   6 theta.s(s, n, variance = FALSE)
   7 }
   8 \arguments{
   9   \item{s}{a numeric giving the number of segregating sites.}
  10   \item{n}{a numeric giving the number of sequences.}
  11   \item{variance}{a logical indicating whether the variance of the
  12     estimated THETA should be returned (\code{TRUE}), the default being
  13     \code{FALSE}.}
  14 }
  15 \description{
  16   This function computes the population parameter THETA using the
  17   number of segregating sites \code{s} in a sample of \code{n} DNA sequences.
  18 }
  19 \value{
  20   a numeric vector of length one with the estimated theta (the default),
  21   or of length two if the standard error is returned
  22   (\code{variance = TRUE}).
  23 }
  24 \note{
  25   The number of segregating sites needs to be computed beforehand, for
  26   instance with the function \code{seg.sites} (see example below).
  27 }
  28 \references{
  29   Watterson, G. (1975) On the number of segragating sites in genetical
  30   models without recombination. \emph{Theoretical Population Biology},
  31   \bold{7}, 256--276.
  32
  33   Tajima, F. (1989) Statistical method for testing the neutral mutation
  34   hypothesis by DNA polymorphism. \emph{Genetics}, \bold{123}, 585--595.
  35 }
  36 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  37 \seealso{
  38   \code{\link{theta.h}}, \code{\link{theta.k}}, \code{\link{seg.sites}},
  39   \code{\link{nuc.div}}
  40 }
  41 \examples{
  42 data(woodmouse)
  43 y <- seg.sites(woodmouse)
  44 s <- length(y)
  45 n <- length(woodmouse)
  46 theta.s(s, n)
  47 theta.s(s, n, variance = TRUE)
  48 }
  49 \keyword{manip}
  50 \keyword{univar}