man/theta.h.Rd

   1 \name{theta.h}
   2 \alias{theta.h}
   3 \title{Population Parameter THETA using Homozygosity}
   4 \usage{
   5 theta.h(x, standard.error = FALSE)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{x}{a vector or a factor.}
   9   \item{standard.error}{a logical indicating whether the standard error
  10     of the estimated theta should be returned (\code{TRUE}), the default
  11     being \code{FALSE}.}
  12 }
  13 \description{
  14   This function computes the population parameter THETA using the
  15   homozygosity (or mean heterozygosity) from gene frequencies.
  16 }
  17 \value{
  18   a numeric vector of length one with the estimated theta (the default),
  19   or of length two if the standard error is returned
  20   (\code{standard.error = TRUE}).
  21 }
  22 \details{
  23   The argument \code{x} can be either a factor or a vector. If it is a
  24   factor, then it is taken to give the individual alleles in the
  25   population. If it is a numeric vector, then its values are taken to be
  26   the numbers of each allele in the population. If it is a non-numeric
  27   vector, it is a coerced as a factor.
  28
  29   The standard error is computed with an approximation due to
  30   Chakraborty and Weiss (1991).
  31 }
  32 \references{
  33   Zouros, E. (1979) Mutation rates, population sizes and amounts of
  34   electrophoretic variation at enzyme loci in natural
  35   populations. \emph{Genetics}, \bold{92}, 623--646.
  36
  37   Chakraborty, R. and Weiss, K. M. (1991) Genetic variation of the
  38   mitochondrial DNA genome in American Indians is at mutation-drift
  39   equilibrium. \emph{American Journal of Human Genetics}, \bold{86}, 497--506.
  40 }
  41 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  42 \seealso{
  43   \code{\link{heterozygosity}}, \code{\link{theta.s}}, \code{\link{theta.k}}
  44 }
  45 \keyword{manip}
  46 \keyword{univar}