man/subtrees.Rd

   1 \name{subtrees}
   2 \alias{subtrees}
   3 \title{All subtrees of a Phylogenetic Tree}
   4 \usage{
   5 subtrees(tree, wait=FALSE)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{tree}{an object of class \code{"phylo"}.}
   9   \item{wait}{a logical indicating whether the node beeing processed should be printed (useful for big phylogenies).}
  10 }
  11 \description{
  12   This function returns a list of all the subtrees of a phylogenetic tree.
  13 }
  14 \author{Damien de Vienne \email{damien.de-vienne@u-psud.fr}}
  15 \seealso{
  16   \code{\link{zoom}}, \code{\link{subtreeplot}} for functions extracting particular subtrees.
  17 }
  18 \value{
  19   \code{subtrees} returns a list of trees of class \code{"phylo"} and
  20   returns invisibly for each subtree a list with the following
  21   components:
  22
  23   \item{tip.label}{}
  24   \item{node.label}{}
  25   \item{Ntip}{}
  26   \item{Nnode}{}
  27 }
  28 \examples{
  29 ### Random tree with 12 leaves
  30 phy<-rtree(12)
  31 par(mfrow=c(4,3))
  32 plot(phy, sub="Complete tree")
  33
  34 ### Extract the subtrees
  35 l<-subtrees(phy)
  36
  37 ### plot all the subtrees
  38 for (i in 1:11) plot(l[[i]], sub=paste("Node", l[[i]]$node.label[1]))
  39 par(mfrow=c(1,1))
  40 }
  41 \keyword{manip}