man/subtrees.Rd

   1 \name{subtrees}
   2 \alias{subtrees}
   3 \title{All subtrees of a Phylogenetic Tree}
   4 \usage{
   5 subtrees(x, wait=FALSE)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{x}{an object of class \code{"phylo"}.}
   9   \item{wait}{a logical indicating whether the node beeing processed should be printed (useful for big phylogenies).}
  10 }
  11 \description{
  12   This function returns a list of all the subtrees of a phylogenetic tree.
  13 }
  14 \author{Damien de Vienne \email{damien.de-vienne@u-psud.fr}}
  15 \see also{
  16   \code{\link{zoom}}, \code{\link{subtreeplot}} for functions extracting particular subtrees.
  17 }
  18 \value{
  19   \code{subtrees} returns a list of trees of class \code{"phylo"} and returns invisibly for each subtree a list with the following
  20   components:
  21
  22   \item{tip.label}
  23   \item{node.label}
  24   \item{Ntip}
  25   \item{Nnode}
  26 }
  27 \examples{
  28 ### Random tree with 12 leaves
  29 phy<-rtree(12)
  30 par(mfrow=c(4,3))
  31 plot(phy, sub="Complete tree")
  32
  33 ### Extract the subtrees
  34 l<-subtrees(phy)
  35
  36 ### plot all the subtrees
  37 for (i in 1:11) plot(l[[i]], sub=paste("Node", l[[i]]$node.label[1]))
  38 par(mfrow=c(1,1))
  39 }