man/speciesTree.Rd

   1 \name{speciesTree}
   2 \alias{speciesTree}
   3 \title{Species Tree Estimation}
   4 \description{
   5   This function calculates the species tree from a set of gene trees.
   6 }
   7 \usage{
   8 speciesTree(x, FUN = min)
   9 }
  10 \arguments{
  11   \item{x}{a list of trees, e.g., an object of class
  12     \code{"multiPhylo"}.}
  13   \item{FUN}{a function used to compute the divergence times of each
  14     pair of tips.}
  15 }
  16 \details{
  17   For all trees in \code{x}, the divergence time of each pair of tips is
  18   calculated: these are then `summarized' with \code{FUN} to build a new
  19   distance matrix used to calculate the species tree with a
  20   single-linkage hierarchical clustering. The default for \code{FUN}
  21   computes the maximum tree (maxtree) of Liu et al. (2010). Using
  22   \code{FUN = sum} gives the shallowest divergence tree of Maddison and
  23   Knowles (2006).
  24 }
  25 \value{
  26   an object of class \code{"phylo"}.
  27 }
  28 \references{
  29   Liu, L., Yu, L. and Pearl, D. K. (2010) Maximum tree: a consistent
  30   estimator of the species tree. \emph{Journal of Mathematical Biology},
  31   \bold{60}, 95--106.
  32
  33   Maddison, W. P. and Knowles, L. L. (2006) Inferring phylogeny despite
  34   incomplete lineage sorting. \emph{Systematic Biology}, \bold{55}, 21--30.
  35 }
  36 \author{Emmanuel Paradis}
  37 \examples{
  38 ### example in Liu et al. (2010):
  39 tr1 <- read.tree(text = "(((B:0.05,C:0.05):0.01,D:0.06):0.04,A:0.1);")
  40 tr2 <- read.tree(text = "(((A:0.07,C:0.07):0.02,D:0.09):0.03,B:0.12);")
  41 TR <- c(tr1, tr2)
  42 TSmax <- speciesTree(TR) # MAXTREE
  43 TSsha <- speciesTree(TR, sum) # shallowest divergence
  44
  45 layout(matrix(1:4, 1))
  46 ## playing with 'x.lim' is not so complicated
  47 ## but this will be improved someday
  48 plot(tr1, "c", d = "u", y.lim = c(-0.07, 0.1), font = 1)
  49 axisPhylo(4); title("Gene tree 1")
  50 plot(tr2, "c", d = "u", y.lim = c(-0.05, 0.12), font = 1)
  51 axisPhylo(4); title("Gene tree 2")
  52 plot(TSmax, "c", d = "u", y.lim = c(-0.1, 0.07), font = 1)
  53 axisPhylo(4); title("Species tree inferred\nby MAXTREE")
  54 plot(TSsha, "c", d = "u", y.lim = c(0, 0.17), font = 1)
  55 axisPhylo(4); title("Species tree inferred\nby Shallowest Divergence")
  56 }
  57 \keyword{models}