man/sh.test.Rd

   1 \name{sh.test}
   2 \alias{sh.test}
   3 \title{Shimodaira-Hasegawa Test}
   4 \usage{
   5 sh.test(..., x, model = DNAmodel(), B = 100)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{...}{either a series of objects of class \code{"phylo"}
   9     separated by commas, or a list containing such objects.}
  10   \item{x}{a list, a matrix, or a data frame containing the (aligned)
  11     DNA sequences.}
  12   \item{model}{the model to be fitted to each tree (as an object of
  13     \code{"DNAmodel"}).}
  14   \item{B}{the number of bootstrap replicates.}
  15 }
  16 \description{
  17   This function computes the Shimodaira--Hasegawa test for a set of
  18   trees.
  19 }
  20 \details{
  21   The present implementation follows the original formulation of
  22   Shimodaira and Hasegawa (1999). A difference is that the bootstrap
  23   resampling is done on the original sequence data rather than the RELL
  24   method as sugested by Shimodaira and Hasegawa.
  25 }
  26 \value{
  27   a numeric vector with the P-value associated with each tree given in
  28   \code{...}.
  29 }
  30 \references{
  31   Shimodaira, H. and Hasegawa, M. (1999) Multiple comparisons of
  32   log-likelihoods with applications to phylogenetic
  33   inference. \emph{Molecular Biology and Evolution}, \bold{16},
  34   1114--1116.
  35 }
  36 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  37 \seealso{
  38   \code{\link{mlphylo}}, \code{\link{DNAmodel}}
  39 }
  40 \examples{
  41 data(woodmouse)
  42 t1 <- nj(dist.dna(woodmouse))
  43 t2 <- rtree(15, tip.label = t1$tip.label)
  44 t3 <- rtree(15, tip.label = t1$tip.label)
  45 ### Are the NJ tree and two random tress significantly different?
  46 \dontrun{sh.test(t1, t2, t3, x = woodmouse, B = 100)}
  47 }
  48 \keyword{models}