man/sh.test.Rd

   1 \name{sh.test}
   2 \alias{sh.test}
   3 \title{Shimodaira-Hasegawa Test}
   4 \usage{
   5 sh.test(..., x, model = DNAmodel(), B = 100)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{...}{either a series of objects of class \code{"phylo"}
   9     separated by commas, or a list containing such objects.}
  10   \item{x}{a list or a matrix containing the (aligned) DNA sequences.}
  11   \item{model}{the model to be fitted to each tree (as an object of
  12     \code{"DNAmodel"}).}
  13   \item{B}{the number of bootstrap replicates.}
  14 }
  15 \description{
  16   This function computes the Shimodaira--Hasegawa test for a set of
  17   trees.
  18 }
  19 \details{
  20   The present implementation follows the original formulation of
  21   Shimodaira and Hasegawa (1999) with the difference that the bootstrap
  22   resampling is done on the original sequence data rather than the RELL
  23   method suggested by Shimodaira and Hasegawa.
  24 }
  25 \value{
  26   a numeric vector with the P-value associated with each tree given in
  27   \code{...}.
  28 }
  29 \references{
  30   Shimodaira, H. and Hasegawa, M. (1999) Multiple comparisons of
  31   log-likelihoods with applications to phylogenetic
  32   inference. \emph{Molecular Biology and Evolution}, \bold{16},
  33   1114--1116.
  34 }
  35 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  36 \seealso{
  37   \code{\link{mlphylo}}, \code{\link{DNAmodel}}
  38 }
  39 \examples{
  40 data(woodmouse)
  41 t1 <- nj(dist.dna(woodmouse))
  42 t2 <- rtree(15, tip.label = t1$tip.label)
  43 t3 <- rtree(15, tip.label = t1$tip.label)
  44 ### Are the NJ tree and two random tress significantly different?
  45 \dontrun{sh.test(t1, t2, t3, x = woodmouse, B = 100)}
  46 }
  47 \keyword{models}