man/seg.sites.Rd

   1 \name{seg.sites}
   2 \alias{seg.sites}
   3 \title{
   4   Find Segregating Sites in DNA Sequences
   5 }
   6 \usage{
   7 seg.sites(x)
   8 }
   9 \arguments{
  10   \item{x}{a matrix or a list which contains the DNA sequences.}
  11 }
  12 \description{
  13   This function gives the indices of segregating (polymorphic) sites in
  14   a sample of DNA sequences.
  15 }
  16 \details{
  17   If the sequences are in a list, all the sequences must be of the same
  18   length. Ambiguous nucleotides are ignored.
  19 }
  20 \value{
  21   A numeric (integer) vector giving the indices of the segregating
  22   sites.
  23 }
  24 \author{Emmanuel Paradis}
  25 \note{
  26   The present version looks for the sites which are ``variable'' in the
  27   data in terms of different \emph{letters}. This may give unexpected
  28   results if there are ambiguous bases in the data.
  29 }
  30 \seealso{
  31   \code{\link{base.freq}}, \code{\link{GC.content}},
  32   \code{\link{theta.s}}, \code{\link{nuc.div}}
  33 }
  34 \examples{
  35 data(woodmouse)
  36 y <- seg.sites(woodmouse)
  37 y
  38 length(y)
  39 }
  40 \keyword{univar}