man/richness.yule.test.Rd

   1 \name{richness.yule.test}
   2 \alias{richness.yule.test}
   3 \title{}
   4 \description{
   5   This function performs a test of shift in diversification rate using
   6   probabilities from the Yule process.
   7 }
   8 \usage{
   9 richness.yule.test(x, t)
  10 }
  11 \arguments{
  12   \item{x}{a matrix or a data frame with at least two columns: the first
  13     one gives the number of species in clades with a trait supposed to
  14     increase or decrease diversification rate, and the second one the number of
  15     species in the sister-clades without the trait. Each
  16     row represents a pair of sister-clades.}
  17   \item{t}{a numeric vector giving the divergence times of each pair of
  18     clades in \code{x}.}
  19 }
  20 \details{
  21 }
  22 \value{
  23   a data frame with the \eqn{\chi^2}{chi2}, the number of degrees of
  24   freedom (= 1), and the \emph{P}-value.
  25 }
  26 \references{
  27   Paradis, E. Shift in diversification in sister-clade comparisons: a
  28   more powerful test. (manuscript submitted)
  29 }
  30 \author{Emmanuel Paradis}
  31 \seealso{
  32   \code{\link{slowinskiguyer.test}}, \code{\link{mcconwaysims.test}}
  33   \code{\link{diversity.contrast.test}}
  34 }
  35 \examples{
  36 ### see examples(mcconwaysims.test)
  37 }
  38 \keyword{htest}