man/richness.yule.test.Rd

   1 \name{richness.yule.test}
   2 \alias{richness.yule.test}
   3 \title{Test of Diversification-Shift With the Yule Process}
   4 \description{
   5   This function performs a test of shift in diversification rate using
   6   probabilities from the Yule process.
   7 }
   8 \usage{
   9 richness.yule.test(x, t)
  10 }
  11 \arguments{
  12   \item{x}{a matrix or a data frame with at least two columns: the first
  13     one gives the number of species in clades with a trait supposed to
  14     increase or decrease diversification rate, and the second one the number of
  15     species in the sister-clades without the trait. Each
  16     row represents a pair of sister-clades.}
  17   \item{t}{a numeric vector giving the divergence times of each pair of
  18     clades in \code{x}.}
  19 }
  20 \value{
  21   a data frame with the \eqn{\chi^2}{chi2}, the number of degrees of
  22   freedom (= 1), and the \emph{P}-value.
  23 }
  24 \references{
  25   Paradis, E. (2012) Shift in diversification in sister-clade
  26   comparisons: a more powerful test. \emph{Evolution}, \bold{66},
  27   288--295.
  28 }
  29 \author{Emmanuel Paradis}
  30 \seealso{
  31   \code{\link{slowinskiguyer.test}}, \code{\link{mcconwaysims.test}},
  32   \code{\link{diversity.contrast.test}}
  33 }
  34 \examples{
  35 ### see examples(mcconwaysims.test)
  36 }
  37 \keyword{htest}