man/read.caic.Rd

   1 \name{read.caic}
   2 \alias{read.caic}
   3 \title{Read Tree File in CAIC Format}
   4 \description{
   5 This function reads one tree from a CAIC file.
   6 A second file containing branch lengths values may also be passed (experimental).
   7 }
   8 \usage{
   9 read.caic(file, brlen = NULL, skip = 0, comment.char = "#", ...)
  10 }
  11 \arguments{
  12   \item{file}{a file name specified by either a variable of mode character, or a double-quoted string.}
  13   \item{brlen}{a file name for the branch lengths file.}
  14   \item{skip}{the number of lines of the input file to skip before beginning to read data (this is passed directly to scan()).}
  15   \item{comment.char}{a single character, the remaining of the line after this character is ignored (this is passed directly to scan()).}
  16   \item{\dots}{Further arguments to be passed to scan().}
  17 }
  18 \details{
  19   Read a tree from a file in the format used by the CAIC and MacroCAIc program.
  20 }
  21 \value{
  22   an object of class \code{"phylo"}.
  23 }
  24 \references{
  25   Purvis, A. and Rambaut, A. (1995) Comparative analysis by independent
  26   contrasts (CAIC): an Apple Macintosh application for analysing
  27   comparative data. \emph{CABIOS}, \bold{11} :241--251.
  28 }
  29 \author{Julien Dutheil \email{julien.dutheil@univ-montp2.fr}}
  30 \section{Warning }{The branch length support is still experimental and was not fully tested.}
  31 \seealso{ \code{\link{read.tree}}, \code{\link{read.nexus}} }
  32 \examples{
  33 ### The same example than in read.tree, without branch lengths.
  34 ### An extract from Sibley and Ahlquist (1990)
  35 cat("AAA","Strix_aluco","AAB","Asio_otus",
  36    "AB","Athene_noctua","B","Tyto_alba",
  37    file = "ex.tre", sep = "\n")
  38 tree.owls <- read.caic("ex.tre")
  39 plot(tree.owls)
  40 tree.owls
  41 unlink("ex.tre") # delete the file "ex.tre"
  42 }
  43 \keyword{hplot}