man/read.GenBank.Rd

   1 \name{read.GenBank}
   2 \alias{read.GenBank}
   3 \title{Read DNA Sequences from GenBank via Internet}
   4 \usage{
   5 read.GenBank(access.nb, seq.names = access.nb,
   6              species.names = TRUE, as.character = FALSE)
   7 }
   8 \arguments{
   9   \item{access.nb}{a vector of mode character giving the accession numbers.}
  10   \item{seq.names}{the names to give to each sequence; by default the
  11     accession numbers are used.}
  12   \item{species.names}{a logical indicating whether to attribute the
  13     species names to the returned object.}
  14   \item{as.character}{a logical controlling whether to return the
  15     sequences as an object of class \code{"DNAbin"} (the default).}
  16 }
  17 \description{
  18   This function connects to the GenBank database, and reads nucleotide
  19   sequences using accession numbers given as arguments.
  20 }
  21 \value{
  22   A list of DNA sequences made of vectors of class \code{"DNAbin"}, or
  23   of single characters (if \code{as.character = "TRUE"}).
  24 }
  25 \details{
  26   The function uses the site \url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/} from
  27   where the sequences are downloaded.
  28
  29   If \code{species.names = TRUE}, the returned list has an attribute
  30   \code{"species"} containing the names of the species taken from the
  31   field ``ORGANISM'' in GenBank.
  32 }
  33 \seealso{
  34   \code{\link{read.dna}}, \code{\link{write.dna}},
  35   \code{\link{dist.dna}}, \code{\link{DNAbin}}
  36 }
  37 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
  38 \examples{
  39 ### This won't work if your computer is not connected
  40 ### to the Internet!!!
  41 ###
  42 ### Get the 8 sequences of tanagers (Ramphocelus)
  43 ### as used in Paradis (1997)
  44 ref <- c("U15717", "U15718", "U15719", "U15720",
  45          "U15721", "U15722", "U15723", "U15724")
  46 ### Copy/paste or type the following commands if you
  47 ### want to try them.
  48 \dontrun{
  49 Rampho <- read.GenBank(ref)
  50 ### get the species names:
  51 attr(Rampho, "species")
  52 ### build a matrix with the species names and the accession numbers:
  53 cbind(attr(Rampho, "species"), names(Rampho))
  54 ### print the first sequence
  55 ### (can be done with `Rampho$U15717' as well)
  56 Rampho[[1]]
  57 ### print the first sequence in a cleaner way
  58 cat(Rampho[[1]], "\n", sep = "")
  59 }
  60 }
  61 \keyword{IO}