man/ratogram.Rd

   1 \name{ratogram}
   2 \alias{ratogram}
   3
   4 \title{Ratogram Computed by Nonparametric Rate Smoothing}
   5 \usage{
   6 ratogram(phy, scale = 1, expo = 2, minEdgeLength = 1e-06)
   7 }
   8 \arguments{
   9   \item{phy}{A phylogenetic tree (i.e. an object of class \code{"phylo"}), where
  10     the branch lengths are measured in substitutions.}
  11
  12   \item{scale}{Age of the root in the chronogram corresponding to the inferred ratogram(default value: 0). }
  13
  14   \item{expo}{Exponent in the objective function (default value: 2)}
  15   \item{minEdgeLength}{Minimum edge length in the phylogram (default value: 1e-06). If any branch lengths are
  16     smaller then they will be set to this value. }
  17 }
  18 \description{
  19
  20  \code{ratogram} computes a ratogram from a phylogram by applying the NPRS
  21  (nonparametric rate smoothing) algorithm described in Sanderson (1997).
  22 }
  23 \details{
  24   Please refer to Sanderson (1997) for mathematical details
  25 }
  26 \value{
  27 \code{chronogram} returns an object of class \code{"phylo"}. The branch lengths of this
  28 tree will be the absolute rates estimated for each branch.
  29 }
  30 \author{Gangolf Jobb (\url{http://www.treefinder.de}) and
  31 Korbinian Strimmer (\url{http://www.stat.uni-muenchen.de/~strimmer/})
  32 }
  33 \seealso{
  34 \code{\link{chronogram}}, \code{\link{NPRS.criterion}}.
  35 }
  36 \references{
  37   Sanderson, M. J. (1997) A nonparametric approach to estimating
  38   divergence times in the absence of rate constancy. \emph{Molecular
  39     Biology and Evolution}, \bold{14}, 1218--1231.
  40 }
  41 \examples{
  42 # get tree
  43 data("landplants.newick") # example tree in NH format
  44 tree.landplants <- read.tree(text = landplants.newick)
  45
  46 # plot tree
  47 tree.landplants
  48 plot(tree.landplants, label.offset = 0.001)
  49
  50 # estimate ratogram
  51 rato.plants <- ratogram(tree.landplants)
  52
  53 # plot
  54 plot(rato.plants, label.offset = 0.001)
  55 }
  56 \keyword{manip}