man/plot.phylo.Rd

   1 \name{plot.phylo}
   2 \alias{plot.phylo}
   3 \alias{plot.multiPhylo}
   4 \title{Plot Phylogenies}
   5 \usage{
   6 \method{plot}{phylo}(x, type = "phylogram", use.edge.length = TRUE,
   7     node.pos = NULL, show.tip.label = TRUE, show.node.label = FALSE,
   8     edge.color = "black", edge.width = 1, font = 3,
   9     cex = par("cex"), adj = NULL, srt = 0, no.margin = FALSE,
  10     root.edge = FALSE, label.offset = 0, underscore = FALSE,
  11     x.lim = NULL, y.lim = NULL, direction = "rightwards",
  12     lab4ut = "horizontal", tip.color = "black", ...)
  13 \method{plot}{multiPhylo}(x, layout = 1, ...)
  14 }
  15 \arguments{
  16   \item{x}{an object of class \code{"phylo"} or of class
  17     \code{"multiPhylo"}.}
  18   \item{type}{a character string specifying the type of phylogeny to be
  19     drawn; it must be one of "phylogram" (the default), "cladogram",
  20     "fan", "unrooted", "radial" or any unambiguous abbreviation of
  21     these.}
  22   \item{use.edge.length}{a logical indicating whether to use the edge
  23     lengths of the phylogeny to draw the branches (the default) or not
  24     (if \code{FALSE}). This option has no effect if the object of class
  25     \code{"phylo"} has no `edge.length' element.}
  26   \item{node.pos}{a numeric taking the value 1 or 2 which specifies the
  27     vertical position of the nodes with respect to their descendants. If
  28     \code{NULL} (the default), then the value is determined in relation
  29     to `type' and `use.edge.length' (see details).}
  30   \item{show.tip.label}{a logical indicating whether to show the tip
  31     labels on the phylogeny (defaults to \code{TRUE}, i.e. the labels
  32     are shown).}
  33   \item{show.node.label}{a logical indicating whether to show the node
  34     labels on the phylogeny (defaults to \code{FALSE}, i.e. the labels
  35     are not shown).}
  36   \item{edge.color}{a vector of mode character giving the colours used
  37     to draw the branches of the plotted phylogeny. These are taken to be
  38     in the same order than the component \code{edge} of \code{phy}. If
  39     fewer colours are given than the length of \code{edge}, then the
  40     colours are recycled.}
  41   \item{edge.width}{a numeric vector giving the width of the branches of
  42     the plotted phylogeny. These are taken to be in the same order than
  43     the component \code{edge} of \code{phy}. If fewer widths are given
  44     than the length of \code{edge}, then these are recycled.}
  45   \item{font}{an integer specifying the type of font for the labels: 1
  46     (plain text), 2 (bold), 3 (italic, the default), or 4 (bold
  47     italic).}
  48   \item{cex}{a numeric value giving the factor scaling of the tip and
  49     node labels (Character EXpansion). The default is to take the
  50     current value from the graphical parameters.}
  51   \item{adj}{a numeric specifying the justification of the text strings
  52     of the labels: 0 (left-justification), 0.5 (centering), or 1
  53     (right-justification). This option has no effect if \code{type =
  54       "unrooted"}. If \code{NULL} (the default) the value is set with
  55     respect of \code{direction} (see details).}
  56   \item{srt}{a numeric giving how much the labels are rotated in degrees
  57     (negative values are allowed resulting in clock-like rotation); the
  58     value has an effect respectively to the value of
  59     \code{direction} (see Examples). This option has no effect if
  60     \code{type = "unrooted"}.}
  61   \item{no.margin}{a logical. If \code{TRUE}, the margins are set to
  62     zero and the plot uses all the space of the device (note that this
  63     was the behaviour of \code{plot.phylo} up to version 0.2-1 of `ape'
  64     with no way to modify it by the user, at least easily).}
  65   \item{root.edge}{a logical indicating whether to draw the root edge
  66     (defaults to FALSE); this has no effect if `use.edge.length = FALSE'
  67     or if `type = "unrooted"'.}
  68   \item{label.offset}{a numeric giving the space between the nodes and
  69     the tips of the phylogeny and their corresponding labels. This
  70     option has no effect if \code{type = "unrooted"}.}
  71   \item{underscore}{a logical specifying whether the underscores in tip
  72     labels should be written as spaces (the default) or left as are (if
  73     \code{TRUE}).}
  74   \item{x.lim}{a numeric vector of length one or two giving the limit(s)
  75     of the x-axis. If \code{NULL}, this is computed with respect to
  76     various parameters such as the string lengths of the labels and the
  77     branch lengths. If a single value is given, this is taken as the
  78     upper limit.}
  79   \item{y.lim}{same than above for the y-axis.}
  80   \item{direction}{a character string specifying the direction of the
  81     tree. Four values are possible: "rightwards" (the default),
  82     "leftwards", "upwards", and "downwards".}
  83   \item{lab4ut}{(= labels for unrooted trees) a character string
  84     specifying the display of tip labels for unrooted trees: either
  85     \code{"horizontal"} where all labels are horizontal (the default),
  86     or \code{"axial"} where the labels are displayed in the axis of the
  87     corresponding terminal branches. This option has an effect only if
  88     \code{type = "unrooted"}.}
  89   \item{tip.color}{the colours used for the tip labels, eventually
  90     recycled (see examples).}
  91   \item{layout}{the number of trees to be plotted simultaneously.}
  92   \item{...}{further arguments to be passed to \code{plot} or to
  93     \code{plot.phylo}.}
  94 }
  95 \description{
  96   These functions plot phylogenetic trees on the current graphical
  97   device.
  98 }
  99 \details{
 100   If \code{x} is a list of trees (i.e., an object of class
 101   \code{"multiPhylo"}), then any further argument may be passed with
 102   \code{...} and could be any one of those listed above for a single
 103   tree.
 104
 105   The font format of the labels of the nodes and the tips is the same.
 106
 107   If \code{no.margin = TRUE}, the margins are set to zero and are not
 108   restored after plotting the tree, so that the user can access the
 109   coordinates system of the plot.
 110
 111   The option `node.pos' allows the user to alter the vertical position
 112   (i.e. ordinates) of the nodes. If \code{node.pos = 1}, then the
 113   ordinate of a node is the mean of the ordinates of its direct
 114   descendants (nodes and/or tips). If \code{node.pos = 2}, then the
 115   ordinate of a node is the mean of the ordinates of all the tips of
 116   which it is the ancestor. If \code{node.pos = NULL} (the default),
 117   then its value is determined with respect to other options: if
 118   \code{type = "phylogram"} then `node.pos = 1'; if \code{type =
 119     "cladogram"} and \code{use.edge.length = FALSE} then `node.pos = 2';
 120   if \code{type = "cladogram"} and \code{use.edge.length = TRUE} then
 121   `node.pos = 1'. Remember that in this last situation, the branch
 122   lengths make sense when projected on the x-axis.
 123
 124   If \code{adj} is not specified, then the value is determined with
 125   respect to \code{direction}: if \code{direction = "leftwards"} then
 126   \code{adj = 1} (0 otherwise).
 127
 128   If the arguments \code{x.lim} and \code{y.lim} are not specified by the
 129   user, they are determined roughly by the function. This may not always
 130   give a nice result: the user may check these values with the
 131   (invisibly) returned list (see ``Value:'').
 132
 133   If you resize manually the graphical device (windows or X11) you may
 134   need to replot the tree.
 135 }
 136 \note{
 137   The argument \code{asp} cannot be passed with \code{\dots}.
 138 }
 139 \value{
 140   \code{plot.phylo} returns invisibly a list with the following
 141   components which values are those used for the current plot:
 142
 143   \item{type}{}
 144   \item{use.edge.length}{}
 145   \item{node.pos}{}
 146   \item{show.tip.label}{}
 147   \item{show.node.label}{}
 148   \item{font}{}
 149   \item{cex}{}
 150   \item{adj}{}
 151   \item{srt}{}
 152   \item{no.margin}{}
 153   \item{label.offset}{}
 154   \item{x.lim}{}
 155   \item{y.lim}{}
 156   \item{direction}{}
 157   \item{tip.color}{}
 158   \item{Ntip}{}
 159   \item{Nnode}{}
 160 }
 161 \author{Emmanuel Paradis \email{Emmanuel.Paradis@mpl.ird.fr}}
 162 \seealso{
 163   \code{\link{read.tree}}, \code{\link{add.scale.bar}},
 164   \code{\link{axisPhylo}}, \code{\link{nodelabels}},
 165   \code{\link[graphics]{plot}} for the basic
 166   plotting function in R
 167 }
 168 \examples{
 169 ### An extract from Sibley and Ahlquist (1990)
 170 cat("(((Strix_aluco:4.2,Asio_otus:4.2):3.1,",
 171    "Athene_noctua:7.3):6.3,Tyto_alba:13.5);",
 172    file = "ex.tre", sep = "\n")
 173 tree.owls <- read.tree("ex.tre")
 174 plot(tree.owls)
 175 unlink("ex.tre") # delete the file "ex.tre"
 176
 177 ### Show the types of trees.
 178 layout(matrix(1:6, 3, 2))
 179 plot(tree.owls, main = "With branch lengths")
 180 plot(tree.owls, type = "c")
 181 plot(tree.owls, type = "u")
 182 plot(tree.owls, use.edge.length = FALSE, main = "Without branch lengths")
 183 plot(tree.owls, type = "c", use.edge.length = FALSE)
 184 plot(tree.owls, type = "u", use.edge.length = FALSE)
 185 layout(matrix(1))
 186
 187 data(xenarthra)
 188 plot(xenarthra)
 189 ### remove the margins...
 190 plot(xenarthra, no.margin = TRUE)
 191 ### ... and use a smaller font size
 192 plot(xenarthra, no.margin = TRUE, cex = 0.8)
 193 plot(xenarthra, type = "c", no.margin = TRUE,
 194      use.edge.length = FALSE, cex = 0.8)
 195 par(mar = c(5.1, 4.1, 4.1, 2.1))
 196
 197 data(bird.orders)
 198 ### using random colours and thickness
 199 plot(bird.orders,
 200      edge.color = sample(colors(), length(bird.orders$edge)/2),
 201      edge.width = sample(1:10, length(bird.orders$edge)/2, replace = TRUE))
 202 title("Random colours and branch thickness")
 203 ### rainbow colouring...
 204 X <- c("red", "orange", "yellow", "green", "blue", "purple")
 205 plot(bird.orders,
 206      edge.color = sample(X, length(bird.orders$edge)/2, replace = TRUE),
 207      edge.width = sample(1:10, length(bird.orders$edge)/2, replace = TRUE))
 208 title("Rainbow colouring")
 209 plot(bird.orders, type = "c", use.edge.length = FALSE,
 210      edge.color = sample(X, length(bird.orders$edge)/2, replace = TRUE),
 211      edge.width = rep(5, length(bird.orders$edge)/2))
 212 segments(rep(0, 6), 6.5:1.5, rep(2, 6), 6.5:1.5, lwd = 5, col = X)
 213 text(rep(2.5, 6), 6.5:1.5, paste(X, "..."), adj = 0)
 214 title("Character mapping...")
 215 plot(bird.orders, "u", font = 1, cex = 0.75)
 216 data(bird.families)
 217 plot(bird.families, "u", lab4ut = "axial", font = 1, cex = 0.5)
 218 plot(bird.families, "r", font = 1, cex = 0.5)
 219 ### cladogram with oblique tip labels
 220 plot(bird.orders, "c", FALSE, direction = "u", srt = -40, x.lim = 25.5)
 221 ### facing trees with different informations...
 222 tr <- bird.orders
 223 tr$tip.label <- rep("", 23)
 224 layout(matrix(1:2, 1, 2), c(5, 4))
 225 plot(bird.orders, "c", FALSE, adj = 0.5, no.margin = TRUE, label.offset = 0.8,
 226      edge.color = sample(X, length(bird.orders$edge)/2, replace = TRUE),
 227      edge.width = rep(5, length(bird.orders$edge)/2))
 228 text(7.5, 23, "Facing trees with\ndifferent informations", font = 2)
 229 plot(tr, "p", direction = "l", no.margin = TRUE,
 230      edge.width = sample(1:10, length(bird.orders$edge)/2, replace = TRUE))
 231 ### Recycling of arguments gives a lot of possibilities
 232 ### for tip labels:
 233 plot(bird.orders, tip.col = c(rep("red", 5), rep("blue", 18)),
 234      font = c(rep(3, 5), rep(2, 17), 1))
 235 plot(bird.orders, tip.col = c("blue", "green"),
 236      cex = 23:1/23 + .3, font = 1:3)
 237 co <- c(rep("blue", 9), rep("green", 35))
 238 plot(bird.orders, "f", edge.col = co)
 239 plot(bird.orders, edge.col = co)
 240 layout(1)
 241 }
 242 \keyword{hplot}