man/plot.ancestral.Rd

   1 \name{plot.ancestral}
   2 \alias{plot.ancestral}
   3 \title{Plot Ancestral Character Values on a Tree}
   4 \description{
   5   Plot a phylogenetic tree with edge colors picked according to the
   6   corresponding node ancestral character value.
   7 }
   8 \usage{
   9 \method{plot}{ancestral}(x, which = names(x$node.character), n.col = 10,
  10 col.fun = function(n) rainbow(n, start = 0.4, end = 0),
  11 plot.node.values = FALSE,
  12 ask = prod(par("mfcol")) < length(which) && dev.interactive(),
  13 ...)
  14 }
  15 \arguments{
  16   \item{x}{An object of class 'ancestral'.}
  17   \item{which}{Which characters to plot. Can be a vecotr of names, or a
  18     vector of indices.}
  19   \item{n.col}{The number of colors to use in the gradient.}
  20   \item{col.fun}{the color function to use.}
  21   \item{plot.node.values}{Should character values used as node labels?}
  22   \item{ask}{Ask before each plot?}
  23   \item{\dots}{Further parameters to pass to the plot.phylo function.}
  24 }
  25 \details{
  26   This function produces one plot by selected ancestral character. It
  27   uses the plot.phylo function with particular arguments to display edge
  28   colors according to ancestral character values.
  29 }
  30 \author{Julien Dutheil \email{Julien.Dutheil@univ-montp2.fr}}
  31 \seealso{
  32   \code{\link{plot.phylo}}, \code{\link{evolve.phylo}}
  33 }
  34 \examples{
  35 data(bird.orders)
  36 x <- rep(0, 4)
  37 names(x) <- c("A", "B", "C", "D")
  38 anc <- evolve.phylo(bird.orders, x, 1)
  39 plot(anc, edge.width = 3, plot.node.values = TRUE)
  40 par(mfrow = c(2, 2), mar = c(5.5, 0, 0, 0))
  41 plot(anc, edge.width = 3, type = "r")
  42 }
  43 \keyword{hplot}