man/pic.Rd

   1 \name{pic}
   2 \alias{pic}
   3 \title{Phylogenetically Independent Contrasts}
   4 \usage{
   5 pic(x, phy, scaled = TRUE, var.contrasts = FALSE)
   6 }
   7 \arguments{
   8   \item{x}{a numeric vector.}
   9   \item{phy}{an object of class \code{"phylo"}.}
  10   \item{scaled}{logical, indicates whether the contrasts should be
  11     scaled with their expected variances (default to \code{TRUE}).}
  12   \item{var.contrasts}{logical, indicates whether the expected
  13     variances of the contrasts should be returned (default to \code{FALSE}).}
  14 }
  15 \description{
  16   Compute the phylogenetically independent contrasts using the method
  17   described by Felsenstein (1985).
  18 }
  19 \details{
  20   If \code{x} has names, its values are matched to the tip labels of
  21   \code{phy}, otherwise its values are taken to be in the same order
  22   than the tip labels of \code{phy}.
  23
  24   The user must be careful here since the function requires that both
  25   series of names perfectly match, so this operation may fail if there
  26   is a typing or syntax error. If both series of names do not match, the
  27   values in the \code{x} are taken to be in the same order than the tip
  28   labels of \code{phy}, and a warning message is issued.
  29 }
  30 \value{
  31   either a vector of phylogenetically independent contrasts (if
  32   \code{var.contrasts = FALSE}), or a two-column matrix with the
  33   phylogenetically independent contrasts in the first column and their
  34   expected variance in the second column (if \code{var.contrasts =
  35   TRUE}). If the tree has node labels, these are used as labels of the
  36   returned object.
  37 }
  38 \references{
  39   Felsenstein, J. (1985) Phylogenies and the comparative method.
  40   \emph{American Naturalist}, \bold{125}, 1--15.
  41 }
  42 \author{Emmanuel Paradis}
  43 \seealso{
  44   \code{\link{read.tree}}, \code{\link{compar.gee}},
  45   \code{\link{compar.lynch}}, \code{\link{pic.ortho}},
  46   \code{\link{varCompPhylip}}
  47 }
  48 \examples{
  49 ### The example in Phylip 3.5c (originally from Lynch 1991)
  50 cat("((((Homo:0.21,Pongo:0.21):0.28,",
  51    "Macaca:0.49):0.13,Ateles:0.62):0.38,Galago:1.00);",
  52    file = "ex.tre", sep = "\n")
  53 tree.primates <- read.tree("ex.tre")
  54 X <- c(4.09434, 3.61092, 2.37024, 2.02815, -1.46968)
  55 Y <- c(4.74493, 3.33220, 3.36730, 2.89037, 2.30259)
  56 names(X) <- names(Y) <- c("Homo", "Pongo", "Macaca", "Ateles", "Galago")
  57 pic.X <- pic(X, tree.primates)
  58 pic.Y <- pic(Y, tree.primates)
  59 cor.test(pic.X, pic.Y)
  60 lm(pic.Y ~ pic.X - 1) # both regressions
  61 lm(pic.X ~ pic.Y - 1) # through the origin
  62 unlink("ex.tre") # delete the file "ex.tre"
  63 }
  64 \keyword{regression}