man/opsin.Rd

   1 \name{opsin}
   2 \alias{opsin}
   3 \alias{opsin.newick}
   4 \title{Gene Tree of 32 opsin Sequences}
   5 \description{
   6   This data set describes a gene tree estimated from 32 opsin
   7   sequences.
   8 }
   9 \usage{
  10 data(opsin.newick)
  11 }
  12 \format{
  13   \code{opsin.newick} is a string with the tree in Newick format.
  14 }
  15 \source{
  16   This tree is described in Misawa and Tajima (2000) as an example
  17   for application of the Klastorin (1982) classification method.
  18 }
  19 \references{
  20   Misawa, K. (2000) A simple method for classifying genes and a bootstrap
  21   test for classifications. \emph{Molecular
  22     Biology and Evolution}, \bold{17}, 1879--1884.
  23 }
  24 \examples{
  25 # example tree in NH format (a string)
  26 data("opsin.newick")
  27 opsin.newick
  28
  29 # get corresponding phylo object
  30 tree.opsin <- read.tree(text = opsin.newick)
  31
  32 # plot tree
  33 plot(tree.opsin, label.offset = 0.01)
  34 }
  35 \keyword{datasets}