man/node.depth.Rd

   1 \name{node.depth}
   2 \alias{node.depth}
   3 \alias{node.depth.length}
   4 \alias{node.height}
   5 \alias{node.height.clado}
   6 \title{Depth and Heights of Nodes and Tips}
   7 \description{
   8   These functions return the depth or height of nodes and tips.
   9 }
  10 \usage{
  11 node.depth(phy)
  12 node.depth.length(phy)
  13 node.height(phy)
  14 node.height.clado(phy)
  15 }
  16 \arguments{
  17   \item{phy}{an object of class "phylo".}
  18 }
  19 \details{
  20   \code{node.depth} computes the depth of a node as the number of tips
  21   which are its descendants. The value of 1 is given to the tips.
  22
  23   \code{node.depth.length} does the same but using branch lengths.
  24
  25   \code{node.height} computes the heights of nodes and tips as plotted
  26   by a phylogram.
  27
  28   \code{node.height.clado} does the same but for a cladogram.
  29 }
  30 \value{
  31   A numeric vector indexed with the node numbers of the matrix `edge' of
  32   \code{phy}.
  33 }
  34 \author{Emmanuel Paradis}
  35 \seealso{
  36   \code{\link{plot.phylo}}
  37 }
  38 \keyword{manip}