man/njs.Rd

   1 \name{njs}
   2 \alias{njs}
   3 \alias{bionjs}
   4 \title{Tree Reconstruction from Incomplete Distances With NJ* or bio-NJ*}
   5 \description{
   6   Reconstructs a phylogenetic tree from a distance matrix with possibly
   7   missing values.
   8 }
   9 \usage{
  10 njs(X, fs = 15)
  11 bionjs(X, fs = 15)
  12 }
  13 \arguments{
  14   \item{X}{a distance matrix.}
  15   \item{fs}{argument \emph{s} of the agglomerative criterion: it is
  16     coerced as an integer and must at least equal to one.}
  17 }
  18 \details{
  19   Missing values represented by either \code{NA} or any negative number.
  20
  21   Basically, the Q* criterion is applied to all the pairs of leaves, and
  22   the \emph{s} highest scoring ones are chosen for further analysis by
  23   the agglomeration criteria that better handle missing distances (see
  24   references for details).
  25 }
  26 \value{
  27   an object of class \code{"phylo"}.
  28 }
  29 \references{
  30   \url{http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/166}
  31 }
  32 \author{Andrei Popescu \email{niteloserpopescu@gmail.com}}
  33 \seealso{
  34   \code{\link{nj}}, \code{\link{bionj}}, \code{\link{triangMtds}}
  35 }
  36 \examples{
  37 data(woodmouse)
  38 d <- dist.dna(woodmouse)
  39 dm <- d
  40 dm[sample(length(dm), size = 3)] <- NA
  41 dist.topo(njs(dm), nj(d)) # often 0
  42 dm[sample(length(dm), size = 10)] <- NA
  43 dist.topo(njs(dm), nj(d)) # sometimes 0
  44 }
  45 \keyword{models}