man/njs.Rd

   1 \name{njs}
   2 \alias{njs}
   3 \alias{bionjs}
   4 \title{Tree Reconstruction from Incomplete Distances With NJ* or bio-NJ*}
   5 \description{
   6   Reconstructs a phylogenetic tree from a distance matrix with possibly
   7   missing values.
   8 }
   9 \usage{
  10 njs(X, fs = 15)
  11 bionjs(X, fs = 15)
  12 }
  13 \arguments{
  14   \item{X}{a distance matrix.}
  15   \item{fs}{argument \emph{s} of the agglomerative criterion.}
  16 }
  17 \details{
  18   Missing values represented by either \code{NA} or any negative number.
  19
  20   Basically, the Q* criterion is applied to all the pairs of leaves, and
  21   the \emph{s} highest scoring ones are chosen for further analysis by
  22   the agglomeration criteria that better handle handle missing
  23   distances (see references for details).
  24 }
  25 \value{
  26   an object of class \code{"phylo"}.
  27 }
  28 \references{
  29   \url{http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/166}
  30 }
  31 \author{Andrei Popescu \email{niteloserpopescu@gmail.com}}
  32 \keyword{models}